戰國時期，秦在鹽池縣設立李延縣，與烏什縣壹起，是寧夏行政建制的開端。
秦始皇統壹中國後，實行郡縣制，隸屬北帝郡。漢初，建縣名閆妍。
三國時期，鹽池曾隸屬於趙倩、後趙、前秦和後秦。
公元407年，匈奴鐵血部赫連勃勃建立夏國，以鹽池為腹地。
北魏統壹北方後，設立Xi安郡，鹽池歸其管轄。
西魏改Xi安為兗州。
北周時鹽池隸屬兗州婺源縣。隋朝廢婺源縣，改延川縣，鹽池歸其管轄。唐代延川縣改為兗州。這壹時期的文池縣位於鹽池縣西南的惠安堡，先後屬靈州、韋州。
公元553年，隋稱延川郡，改為兗州。北宋時為西夏國二十二州之壹。1443年，花馬茶營成立，1913年，鹽池縣成立。
元代，兗州並入周桓。明朝八年(1443)，在今鹽池設立馬華池營，成化年間建馬華池城(今鹽池縣)。弘治六年(1493)改為馬華池守千戶，鄭德二年(1507)改為寧夏守。
清朝雍正年間，廢衛改稱州縣，寧夏衛改為靈州花馬池，隸屬甘肅朔方路(又稱寧夏路)。
民國成立後，華麻池於民國二年(1913)改稱鹽池縣。這時，原來歸靈州管轄的惠安、延吉、集寧、蒙城要塞也劃歸鹽池縣管轄。
1929成立寧夏省，轄鹽池縣。
1936年，中國工農紅軍解放鹽池，建立工農政權(又稱蘇維埃)，後改為抗日民主政權，隸屬陜甘寧邊區三邊分區。此時，國民黨寧夏省在惠安堡設立鹽池縣政府，下轄解放後不久已被紅軍撤退放棄的惠安堡和孟堡，形成兩個鹽池縣並存的局面。
1947年期間，國民黨蔣介石進攻陜甘寧邊區，寧夏馬鴻逵出兵配合，占領鹽池縣大部分地區。所以當陜甘寧邊區鹽池縣政府遷到縣南部山區梨園畔時，寧夏鹽池縣政府也遷到了鹽池縣。
1949年8月，陜甘寧邊區收復鹽池(之前在1947年7月恢復過壹次，僅過了壹個月就撤退了)。鹽池縣政府從山區回到了縣城。
1949年9月，寧夏解放，中華人民共和國成立，陜甘寧邊區撤銷，兩個鹽池縣共存13年的局面結束。1951年寧夏省撤銷並入甘肅省，鹽池縣隸屬甘肅省河東回族自治區。
1955河東回族自治區改為吳忠回族自治州，鹽池縣隸屬於此州。
1958年，寧夏回族自治區成立，鹽池縣直屬自治區。
尹楠區成立於1972，鹽池縣隸屬於尹楠區。
1998尹楠地區改為地級吳中。