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根據《財政部國家稅務總局關於補充養老保險費補充醫療保險費有關企業所得稅政策問題的通知》（財稅[2009]27號）規定，自2008年1月1日起，企業根據國家有關政策規定，為在本企業任職或者受雇的全體員工支付的補充養老保險費、補充醫療保險費，分別在不超過職工工資總額5%標準內的部分，在計算應納稅所得額時準予扣除；超過的部分，不予扣除。
企業為部分員工支付補充養老保險費和補充醫療保險費的，應將全體職工合理的年均工資乘以參保人數之積，作為計算補充養老保險費和補充醫療保險費稅前扣除的基數，並按照稅收規定的標準稅前扣除。
根據《國家稅務總局關於企業工資薪金及職工福利費扣除問題的通知》（國稅函[2009]3號）規定，補充養老保險和補充醫療保險不屬於職工福利費的列支範圍。因此，企業依照財務會計制度有關規定，在應付福利費科目中列支補充養老保險費和補充養老保險費的，壹方面，企業可以在稅收規定的標準內調減當期實際發生的職工福利費支出，按照稅收規定稅前扣除；另壹方面，企業可將實際發生的符合稅收規定標準的補充養老保險、補充醫療保險直接計入當期損益，未通過應付福利費核算的，應按稅收規定的標準予以稅前扣除，超過部分納稅調增應納稅所得額。