(壹)現行預算會計制度較為落後
我國會計工作的特定服務對象稱之為會計主體，根據會計服務的主體不同，可將現行的預算會計體系劃分為三個部分，即行政單位會計、事業單位會計、財政總預算會計。其中，根據國家預算的撥款方式，可將事業單位劃分為全額、差額、自收自支三種類別，其組成形式較為復雜。在市場經濟下，由於不需要國家財政撥款，自收自支的事業單位，其內部的管理控制、會計核算等內部運作模式逐漸向企業化發展。然而，隨著我國經濟的快速發展，傳統的會計制度已無法滿足社會經濟環境需要，現行的預算會計制度難以全面、準確、真實反映各個事業單位的財政情況、經營成果。
(二)會計目標相對單壹
目前，我國會計工作的目標包括“決策有用觀”與“受托責任觀”兩種。相較而言，我國現行的預算會計多以受托責任觀為主，其是以監督為主要任務，目標是向資源的委托方提供相關的會計信息。在實際操作的過程中，財務部門或上級單位，委托各個事業單位、行政單位履行其職責，同時還需向委托方提供相關的受托責任履行情況信息。然而，由於我國預算會計信息的特定服務對象，已呈現出多樣化的發展趨勢，而社會對財政預算透明化的呼聲越來越高，從而使會計信息使用主體已不僅僅限於財政資源委托方，以受托責任觀作為單壹的會計目標已不能滿足現實情況的需要。
(三)會計核算問題
目前，我國部分的事業單位、行政單位，其會計科目的設置較為簡單，難以滿足預算改革的需要，面對部門職權範圍之外的社會保險基金、基本建設資金等事項，並未將其納入會計核算內容的範疇進行統壹核算。我國事業單位與行政單位的成本核算，往往缺乏科學性、全面性、真實性，固定資產不計提折舊，從而難以真實、準確的反映固定資產凈值，由此導致會計信息失真。此外，現行的預算會計的核算內容，往往無法準確、全面的反映、核算政府的債權、債務信息，對於壹些債權投資的核算方式也未作規定；而對於債務信息，由於采用的是收付實現制，以至於壹些實際發生、形成的負債無法及時反映，而確認的標準多為實際的現金支付，從而往往存在虛增預算結余的現象。
二、促進預算會計改革的相關措施
(壹)在會計改革的基礎上，進行預算會計體系的重建
由於預算會計是會計體系中的壹個獨立分支，從而具有針對性的進行預算會計體系的重建、整體框架的全面改革。當前的預算會計體系由政府會計、行政與事業單位會計組成，就未來發展的趨勢而言，應將其歸集為政府會計體系，其中財政總預算會計與行政單位會計，兩者間的關系應是總與分的關系。目前，事業單位應被列入非營利組織會計的範疇，通過改革與完善，其逐漸向企業化會計發展。對於政府的財務報告，應將國有資產、社會保障金、預算情況、采購基金列入上報財務信息之內，從而更加全面、真實、準確的反映政府業績與財務受托責任。
(二)對政府會計信息體系進行完善和改進
會計系統以滿足使用者需要提供信息為目標，財務報告是實現信息服務的基本工具，為帽子不同類別使用者的需要，財務報告要反映實際相關信息，政府會計報告系統的設計十分重要，其中要有詳細的政府財政信息，對支出和成本要有詳細說明，為政府部門決策提供依據，達到控制支出的目的；對內部審計及獨立的外部審計，都要通過報表的形式體現；將會計系統與計劃管理、預算管理、現金管理、債務管理及審計系統相結合；對資產、負債、人力資本信息有詳盡的報告，同時也要體現政府產出及政府政策的相關信息。以此達到提高政府工作效率、加強成本管理的目的。
(三)權責發生制要根據實際情況，區別對待
使用者評價政府財政受托責任的履行情況，權責發生制是評價的主要手段，在新公***管理體制下，政府會計不斷改革，雖然實行的會計模式不盡相同，但都壹定程度上運用了權責發生制，作為會計基礎得到廣泛應用。其原則規定，收入是以政府是否提供服務為標準來確認的，在接受服務後，當期費用為相應的義務，列入資產負債表時要作為債務處理，從而詳細的反映出政府的財政狀況和運行成果。權責發生制要求將所有的經濟資源全部通過資產負債表體現。我國會計改革不僅要從實際出發同時也可以借鑒國際模式，對應收賬款及應付賬款進行確認，達到各期平衡，明確政府責任。我國預案算會計基礎改革，可以應采取漸進式，由個體到整體，由地方到中央，從根本上明確政府的責任。