由於網絡集成系統防雷點多面廣，因此，為了保護建築物和建築物內各向電子網絡設備不受雷電損害或使雷擊損害降低到最低程度，應從整體防雷的角度來進行防雷方案的設計。現在都采取綜合防雷，綜合防雷設計方案應包括兩個方面：直擊雷的防護和感應雷的防護，缺少任何壹方面都是不完整的，有缺陷的和有潛在危險的。
1、 直擊雷的防護
如果無直擊雷防護，按IEC1312的估算幾乎所有雷電流都流經進出建築物的導體型線路（電源線、信號線等到），這樣的損害就非常嚴重，因此做好直接雷擊防護是做感應雷擊防護的前提；直擊雷防護按照國標GB50057《建築物防雷設計規範》設計和施工，主要使用避雷針、網、線、帶及良好的接地系統，其目的是保護建築不受雷擊的直接破壞，給建築物內的人或設備提供壹個相對安全的環境。
2、 電源系統的防護
統計數據資料表明，微電子網絡系統80%以上的雷害事故都是因為與系統相連的電源線路上感應的雷電沖擊過電壓造成的。因此，做好電源線的防護是整體防雷中不容忽視的壹環。
3、 信號系統的防護
盡管在電源和通信線路等外接引入線路上安裝了防雷保護裝置，由於雷擊發生在網絡線（如雙絞線）感應到過電壓，仍然會影響網絡的正常運行，甚至徹底破壞網絡系統。雷擊時產生巨大的瞬變磁場，在1公裏範圍內的金屬環路，如網絡金屬連線等都會感應到極強的感應雷擊；另外，當電源線或通信線路傳輸過來雷擊電壓時，或建築物的地線系統在瀉放雷擊時，所產生強大的瞬變電流，對於網絡傳輸線路來說，所感應的過電壓已經足以壹次性破壞網絡。即使不是特別高的過電壓，不能夠壹次性破壞設備，但是每壹次的過電壓沖擊都加速了網絡設備的老化，影響數據的傳輸和存儲，甚至DOWN機，直至徹底損壞。所以網絡信號線的防雷對於網絡集成系統的整體防雷來說，是非常重要的環節。
4、 等電位連接
集成網絡系統主幹交換機所在的中心機房應設置均壓環，將機房內所有金屬物體，包括電纜屏蔽層、金屬管道、金屬門窗、設備外殼以及所有進出大樓的金屬管道等金屬構件進行電氣連接，並接至均壓環上，以均衡電位。
5、 接地
防雷地網的制作，地網是避雷針、避雷帶、避雷器等設施有效發揮作用的保障。