區別壹：
從設備特點方面：
1、可對多種金屬、非金屬材料進行加工。尤其對高硬度、高熔點、脆性材料進行標記更顯優勢。
2、屬於非接觸加工、不損壞產品、無刀具磨損、標記質量好。
3、激光束細、加工材料消耗很小、加工熱影響區小。
4、加工效率高、采用計算機控制、易於實現自動化。
區別二：
從應用領域方面：
廣泛適用於集成電路芯片、電腦配件、工業軸承、鐘表、電子及通訊產品、航天航空器件、各種汽車零件、家電、五金工具、模具、電線電纜、食品包裝、首飾、煙草以及軍用事等眾多領域圖形和文字的標記，以及大批量生產線作業。
二氧化碳激光打標機：二氧化碳激光打標機采用進口封裝CO2激光器，配有德國高速掃描振鏡和擴束聚焦系統，打標精度高、速度快；ZJ-2626A激光器高度可升降調節，使用方便，可更換各種打標幅面的鏡片；連續工作時間長，標記清晰美觀，軟件功能強大。
可流水號標記，飛行打標；固定式激光打標設計、操作簡單，完善的上下抽風系統，工作環保安全；適用於各種皮、革、雙色板、塑料及各類固性材料。
區別三：
從工作原理方面：
CO2激光打標機采用紅外光波段,10.64μm的氣體激光器，將CO2氣體充入高壓放電管中產生輝光放電，使氣體分子釋放出激光，將激光能量放大後就形成對材料加工的激光束，激光束使被加工體表面氣化達到雕刻的目的。
以上就是兩者的區別，但更大的看點還是兩者的激光器，壹個用的是光纖激光器，壹個用的是氣體激光器。
參考資料：
百度百科—光纖激光打標機
百度百科—co2打標機