1、劇情方面。《幽浮：內部敵人》主要劇情從初期接觸外星敵人，到擒獲水晶敵人為壹個部分。而《幽浮2》將故事背景設定在了2035年，劇情直接繼承於《幽浮：內部敵人》，是完全嶄新的劇情內容。
2、體驗方面。《幽浮：內部敵人》從畫面到戰鬥玩法的確符合壹款大作的標準，不過就現在情況來看本作中的文字內容非常多，如果不懂英文的話玩起來很累又不能完全體驗遊戲內容。而《幽浮2》是壹款重新設計的全新遊戲，不僅支持簡體中文，而且在畫質上也有了巨大的提升。