不同的蛋白類型，選擇的方法需要多樣性。大部分情況下，蛋白C端的親水性、表面可及性和柔性都相對N端較好。蛋白的二級結構也是預測B細胞表位重要參數之壹，β轉角為凸出結構，多出現在蛋白質抗原表面，有利於與抗體結合，較可能成為抗原表位。而α螺旋和β折疊結構規則不易變形，較難結合抗體，壹般不作為抗原表位。含有5個以上的氨基酸殘基的轉角又常稱為環(loop)。以往的研究表明，蛋白表面的loop區可能為功能性抗體的識別位點，特異性好，可及性強。武漢華美提供的抗體純化制備。
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