第二，都是真菌入侵，但不是同壹個亞門，早疫病是高等真菌引起的，晚疫病是低等真菌鞭毛菌亞門的。
馬鈴薯早疫病主要由鏈格孢屬茄鏈格孢引起，可發生在葉片上，也可侵染塊莖。葉片染病病斑黑褐色，圓形或近圓形，具同心輪紋，大小3～4mm。濕度大時，病斑上生出黑色黴層病征，即病原菌分生孢子梗和分生孢子。發病嚴重的葉片幹枯脫落，田間植株成片枯黃。塊莖染病產生暗褐色稍凹陷圓形或近圓形病斑，邊緣分明，皮下呈淺褐色海綿狀幹腐。該病近年呈上升趨勢，其為害有的地區不亞於晚疫病。
馬鈴薯晚疫病由致病疫黴引起，導致馬鈴薯莖葉死亡和塊莖腐爛的壹種毀滅性卵菌病害。
葉片染病先在葉尖或葉緣生水浸狀綠褐色斑點，病斑周圍具淺綠色暈圈，濕度大時病斑迅速擴大，呈褐色，並產生壹圈白黴，即孢囊梗和孢子囊，尤以葉背最為明顯；幹燥時病斑變褐幹枯，質脆易裂，不見白黴，且擴展速度減慢。莖部或葉柄染病現褐色條斑。發病嚴重的葉片萎垂、卷縮，終致全株黑腐，全田壹片枯焦，散發出腐敗氣味。塊莖染病初生褐色或紫褐色大塊病斑，稍凹陷，病部皮下薯肉亦呈褐色，慢慢向四周擴大或爛掉。
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