以前光電國家實驗室主要是依托光學與電子信息學院（當然還有依托在其他學院）下面的，光學與電子信息學院的研究生可以在光電國家實驗室裏面辦公（只要導師是在光電國家實驗室辦公）；但是去年光電國家實驗室牛逼了，就自己獨立出來，可以獨立招生（相當於壹個新的院系）。
當然目前來看，兩者關系還是很密切的，有些老師雖然屬於光學與電子信息學院，但是辦公地點依然在光電國家實驗室。從長期來看，兩者的界限會越來越明顯（目前光電國家實驗室正在清理舊疾，其他學院的老師都打算請回所屬學院辦公去），各自有各自的辦公體系和只屬於自己單位的老師。
至於哪個單位更好的話，從行政級別上看，必然是光電國家實驗室的地位高，土豪單位。光電國家實驗室是全國僅有的四、五個國家級實驗室之壹。 但是讀研究生，主要根據自己的喜好研究方向來確定比較（可綜合自己喜歡做什麽、那個方向好就業等等因素來考慮），目前光電國家實驗室強項是生物醫學光子學，光電國家實驗室的老大就是這個方向的，需要註意的是這個方向比較苦逼（基本繼續攻讀博士）做實驗做到天昏地暗（當然誇張了~）。而光學與電子信息學院的強項是光網絡，院長就是這個方向，適合繼續深造（博士）；如果選報光學與電子信息學院其他研究方向（弱電），碩士找工作就很簡單了。
感覺兩個都挺好的（光學與電子信息學院在本科中還是頗有名氣的），妳自己看喜歡那個方向，根據自己需求報名吧。
多給點分呀，敲了這麽久