为推动少年军校这一教育形态的健康发展，使之走向系统化、正规化和科学化的轨道，全国少工委于1996年决定成立中国少年军校总校。 由团中央、全国少工委、解放军总政治部、教育部、公安部、武警部队、国家国防教育办公室等相关部门组成，是围绕全国基层少年军校开展工作的管理和服务机构。
2001年2月28日，中***中央政治局委员、中央军委副主席、国务委员兼参议院长迟浩田上将就任中国少年军校总校名誉校长。
2001 年2月28日，中***中央政治局委员、中央军委副主席、国务委员兼十七军长、中国少年军校总校名誉校长迟浩田上了中国少年军校总校题写校名。
2001年4月28日，《中华人民***和国防教育法》首先实施，“少年军校”活动被写入第二章第十四条。
2004 年5月，中国少年军校总校校长由团中央书记处常务书记、全国少工委主任赵勇同志就任。
2006年4月，中国少年军校总校校长由团中央书记处常务书记处负责。 常务书记、全国少工委主任杨岳就任。
2009年4月，中国少年军校总校校长由团中央书记处书记、全国少工委主任罗梅同志就任。
2009年4月，中国少年军校总校校长由团中央书记处书记、全国少工委主任罗梅同志就任。 p>
中国少年军校总校直属全国少工委领导，归口中国少先队事业发展中心管理，主要职责是：
（一）贯彻《中华人民***和国防》 《教育法》，广泛发动、引导、组织少年儿童开展以爱国主义教育为核心、以国防教育为主题的少年军校活动；
（二）制定全国少年军校发展规划及阶段性工作 计划，指导全国各类少年军校开展爱国主义、集体主义、社会主义为主要内容的体验教育活动；
（三）争创“全国少年军校示范校”活动，负责制定和 《完善中国少年军校示范校管理细则》，加强全国少年军校正规化建设；
（四）开展“全国少年军校检阅式”，表彰、奉献“全国优秀少年军校工作者” ；
（五）制定实施全国少年军校管理规则和考核考核标准；
（六）加强对少年军校总校办公室的领导，提高工作人员素质，更好 地为少年军校和广大少年儿童服务。