1、性質區別：·北京301醫院是中國人民解放軍總醫院，屬於中國人民解放軍的直屬單位。北京307醫院是軍事醫學科學院附屬的壹家附屬綜合性三級甲等教學型大型綜合性骨幹基地。
2、專業區別：301醫院是以腫瘤、惡性血液病診治、化學中毒和輻射損傷救治為主要專科方向。307醫院是三級甲等醫院。