康熙帝的至孝也沒有能夠挽救祖母孝莊皇後的性命。康熙二十六年十二月二十五日（1688年1月27日）子刻，孝莊皇後永遠閉上了眼睛，結束了她豐富多彩的曲折人生，享年75歲。康熙帝悲慟欲絕，出於對祖母的敬愛與思念，大辦喪事，破了許多祖制和舊例。
割發辮
清制，只有先帝駕崩，嗣皇帝才能割發辮。皇後（包括皇太後、太皇太後）喪，皇帝例不割辮。孝莊皇後崩逝後，禮部以孝端皇後、孝康皇後、仁孝皇後（孝誠皇後）、孝昭皇後喪時，皇帝均未割發辮為例，奏請皇上不要割辮。康熙帝拒絕道：“從前後喪，雖無割辮之例，太皇太後教育深恩，朕不能報，朕已立意割辮。”皇太後（孝惠皇後）聞聽皇帝要割辮，出面勸阻說：“太皇太後不豫時，曾向予雲‘我病若不起，皇帝斷勿割辮。’應謹遵行。”康熙帝還是不聽，毅然割了發辮。
孝服用布
滿洲舊制，國有大喪，皇帝及宗室公以上，孝服俱用素帛（白紡絲）。而這次孝莊皇後喪事，康熙帝壹改舊制，諭令“今孝服俱改用布”。
停靈逾年
滿洲舊俗，“年內喪事不令逾年”，就是棺槨必須在年前移出宮外。孝莊皇後死於臘月二十五日，大臣們議定於臘月二十九日卯時將孝莊皇後梓宮移出宮外。康熙帝認為梓宮在宮內停留的時間太短，令欽天監另擇日期。眾臣仍堅持原定日期，康熙帝反駁說：“爾等所雲忌諱，祇為朕躬。朕殊不避忌。朕前禱天壇，尚欲減朕年以增太皇太後之壽，豈以梓宮逾年發引，顧有避忌之理乎？如有所忌，朕躬當之。否則，忌諱之說虛誕不足信，亦可以破後人之疑，使皆以朕為法也。”康熙帝親自決定於正月十壹日將梓宮移出宮外。
皇帝除夕、元旦不回宮
除夕是壹年之末，素有避忌之例；元旦乃新歲首，天地人協吉之辰，為吉祥之日。按慣例，即使在大喪期間，皇帝在這兩天也要回宮。康熙帝自孝莊皇後有病以來，壹直住在慈寧宮。除夕前，群臣壹再叩請皇帝回宮。康熙帝說：“人主宮殿原多，可以因時移蹕。若在庶民，遭此大故，所居止於壹室，又遷避何所？回宮斷不可行。”又說：“朕不幸當此大故，設太皇太後之變恰遇二十九、三十日，將若之何？亦惟有聚集此處，豈可他避耶？”眾臣又請皇太後出面勸阻，也無濟於事。最後，為了給皇太後和大臣們壹點面子，康熙帝答應移到慈寧宮前院，住在皇子們守喪的帳篷內為祖母守靈，但仍未回自己的寢宮。
皇帝在孝莊皇後梓宮發引後不立即回宮
孝莊皇後梓宮於康熙二十七年正月十壹日暫安於朝陽門外殯宮。按慣例，梓宮安奉殯宮後，皇帝就應回宮，可康熙帝為了便於祭祀，免去來回奔波之累，想住在殯宮，遭到了群臣的反對和不斷的跪請苦勸。康熙帝堅持己見，在殯宮住了三天。最後在群臣的壹再堅請下，才勉強回宮。但並未回住乾清宮，而是住在了乾清門外的帳篷內，直到正月二十二日行完釋服禮後才回宮，仍居偏殿。
丙辰日不停止奠酒
按照舊制，丙辰日，梓宮前應停止奠酒。康熙二十七年四月十四日為丙辰日。當時孝莊皇後的梓宮正在奉移東陵（遵化）途中。十三日，禮部奏請皇上明日停止早晚奠酒及隨行，皇長子亦應停止；皇太後及妃嬪等，亦應停止往詣，遣王代奠。康熙帝說：“朕素日概無避忌。前在京時，皇太後屢遣傳諭，辰日停止往詣。皇太後之旨，不可違悖，故勉停壹日。今送梓宮至此，不但辰日，雖有甚於此者，豈有停止之理乎？”於是，康熙帝於十四日照舊在孝莊皇後梓宮前奠酒、舉哀、行禮，步隨慟哭仍如前。
忌辰祭祀按四時大祭禮舉行
清初，皇帝、皇後的忌辰（人死的日子）均為小忌，不請神牌，不獻帛爵，不讀祝文。康熙三十六年（1697年）十月，康熙帝以“暫安奉殿，非系山陵，地方既近”為理由，諭令嗣後凡孝莊皇後忌辰致祭，“著照四時大饗禮行”。