65438-0986南京大學設立了吳健雄和袁家騮獎學金，以表彰在物理實驗中取得優異成績的學生。
從65438到0998，吳健雄以她父親的名義建立了吳忠義獎學金基金會。
1990年，國際編號為2752的小行星被命名為“吳健雄星”。
65438-0992南京大學物理系建立“吳健雄圖書館”，東南大學建立“東南大學吳健雄實驗室”。在1992期間，李政道、楊振寧、丁肇中和李遠哲四位諾獎得主發起成立了吳健雄學術基金會。
1994，當選中國科學院外籍院士。中國設立了“吳健雄物理學獎”和“吳健雄·袁家騮自然科學基金”。南京大學、東南大學、明德中學先後設立了“吳健雄獎學金”。