1.首先，安裝驅動USB顯微鏡在安裝和使用上與普通USB設備類似:將USB顯微鏡數據線插入USB接口，運行附帶的驅動光盤中的安裝程序，這樣系統壹般會自動識別設備。如果系統出現“未認證驅動”等提示，只需點擊“繼續安裝”即可。以上步驟完成後，USB顯微鏡就可以正式投入使用了。顯微鏡觀察前，應取下鏡頭前的透明鏡頭保護罩，以免影響成像效果。
2.USB顯微鏡的基本操作方法需要註意的是，USB顯微鏡的成像質量與焦距的調節密切相關，不同的物體、不同的觀察距離需要配合不同的焦距才能顯示出最清晰的成像效果。電腦裏看到的物體清晰度差的時候，證明焦距沒調好。在對準物體的前提下，盡量使鏡頭靠近物體，然後手動向左或向右調節顯微鏡體上的焦距調節旋鈕。出現最清晰的成像效果時，要及時停止調整，否則成像效果會再次變得模糊。對於立體效果明顯的觀察對象(比如主板上很多電解電容)，焦點只能落在某個特定電容上，而其余電容會變得模糊，這是正常現象。但是，和普通光學顯微鏡壹樣，USB顯微鏡也要註意保養和維護。最好不要在過於潮濕的環境下使用，擦拭鏡頭時要使用專用的數碼相機清潔套件，以免劃傷鏡頭，影響成像質量。