由於各種客觀條件的制約，學生從入學到離校都沒有做過實驗，沒有課外書可以借，老師沒有休息室，沒有固定的活動場所，更談不上對現代教育媒體的掌握和應用。有的只是1500元辦學費和無數的困難。但是，三中同學勇於努力，默默奉獻，在艱苦的條件下拼搏。他們有拼搏的勇氣，有獻身教育事業的信心和決心，齊心協力壹步步走完了17的艱苦歲月。
1999在大方縣委、縣政府的高度重視下，大方三中新壹屆領導班子知難而進，狠抓教學中心工作的科學化、規範化管理，強化內在質量，強化管理，以管理求質量，以質量求生存，以成績求發展。從1999秋季開始，在全縣教育中率先進行“教職工聘任制”、“崗位結構工資制”、“崗位目標管理責任制”的“三制壹管”改革實驗，加強教育教學管理，優化學科教師，打開“鐵飯碗”，動搖學歷、文憑、職稱崗位，實行“三制壹管”。2000年，學校終於走出低谷，教育教學質量大幅提升，升學率位居大方縣第二。同年，大方三中“三制壹管”的經驗得到大方縣人民政府的肯定，並在全縣推廣。
2000年秋季學期，大方縣人民政府明確大方三中為全縣教育系統“三制管理”改革試點學校。2007年，大方三中被定為全縣人事制度改革試點單位，教育系統試行校內工資分配制度改革試點學校。從1994到2010，大方三中先後榮獲全國德育科研先進學校、畢節地區全國統考先進考點、三五普法先進單位、國防教育先進單位、全區殘疾人工作先進單位、大方縣學校綜合治理壹等獎、 大方縣學校綜合管理二等獎，教學經常管理獎，教育經常工作目標考核壹等獎。 同時，學校被評為教育綜合督導評估優秀學校、教學常規管理先進學校、大方縣三星級文明示範學校、學校先進黨支部、大方縣示範黨組織、學校團委、畢節地區五四紅旗團委、大方縣青年誌願者先進集體。學生在各學科競賽中獲得159個獎項；教師在論文評比活動中獲獎76項；並在各級各類期刊發表文章136篇。