抗戰勝利後，行政院成立了光復區國民事業接待委員會，由翁任主任委員，負責接待和處理。
從1945年冬到1946年初，翁先後五次寫信給蔣介石，表示“為了抗日戰爭，參加政府工作，辭去經濟部和抗戰勝利資源委員會職務”(戰時生產局於1945年2月27日正式宣布撤銷)，欲前往歐美。雖然蔣介石同意他辭去經濟部長和資源委員會主席的職務，但他仍然擔任行政院副院長。翁文浩只好勉強同意。翁文浩本來想做壹些具體工作，如開發石油，但蔣介石很快命令他回到資本委員會主席的職位。1948年5月，翁被任命為“憲”後首任行政院長，被綁上內戰的戰車。7月中旬，在他擔任行政院長兩個月後，蔣介石把陶希聖的反* *講話交給翁並請他廣播。
翁文浩婉言謝絕，說:“稿子是陶希聖照蔣先生的口氣寫的，還是蔣先生自己講比較好？”蔣介石當時點了點頭，說:“我當然會講，但是妳是總理，妳應該講。”由於壓力和情感的雙重矛盾，翁不得不於7月24日在南京電臺發表海內外講話，堅持“剿亂”，反對* * *到底。
為了挽救幾近崩潰的經濟，7月，以無黨派“社會賢人”名義入閣擔任財政部長的王提出改革方案，要求發行新貨幣——中華金圓，以兌換法幣、東北流通券和臺幣；將黃金和外幣國有化；凍結價格；嚴格控制預算支出，平衡國內國際收支。
翁文林原計劃在7月底立法院休會前敲定方案，提交立法院秘密會議審議通過，以符合法律程序。但是，蔣介石首先考慮的不是如何符合法律程序。他覺得立法院都是人，保守秘密不容易。該方案壹提交立法院，很快就會成為全城風暴，天下皆知。但如果在這壹計劃公布前稍有走漏，結果將難以控制。
因此，在翁文浩將有關文件送交蔣介石後，蔣介石壓制了這壹建議，理由是他要詳細閱讀。直到立法院宣布休會，蔣介石才令翁等人立即帶著有關材料與他當面商議，並具體商定了改革實施方案和實施時間表。
按照事先的計劃，五月二十日，行政院成立經濟管制委員會，負責經濟改革。翁為總理兼主席，王和余鴻鈞為成員，徐百源為秘書長。當天，蔣介石繞過立法院，直接宣布了這壹經濟改革方案，企圖控制金銀外匯，梳理財政，實行經濟管制。他從幣制改革入手，通過控制外匯平衡國內收支，達到穩定物價的目的，以挽救崩潰的經濟和南京政權。
南京政府的嚴厲恐嚇和諄諄宣傳，使得飽受通貨膨脹之苦、極度渴望經濟穩定和物價穩定的民眾，把手中積攢的金銀、銀元、銀角、外幣全部拿到銀行，兌換成印有孫中山頭像的金券。到9月底，全國各地已兌換金銀外匯約6543.8美元+0.6億美元。
然而，金融改革的內幕被高層披露後，立刻在全國掀起了壹股搶購風潮，通貨膨脹壹發不可收拾。165438+10月1，行政院不得不正式宣布取消經濟管制令，取消限價。6月11日，行政院通過金圓券發行辦法修正案，將外匯牌價改為20元金圓券相當於1美元，主要是將金圓券發行限額改為“金圓券發行總額另以法令定之”。然後允許民眾持有金銀和外幣，造成了擠兌黃金的風潮，也破壞了昆明的中央銀行。國民黨政府趁機宣布停止兌換黃金，民眾的反感更加強烈。很快，金圓券就像南京街頭的梧桐落葉，通貨膨脹幾乎達到天文數字。
鑒於經濟改革的失敗，翁文浩內閣於6月3日提出了總辭職。165438+10月26日，蔣介石同意翁辭職，翁在任六個月零兩天。孫克組成了第二屆內閣，翁仍然是名義上的議員。
65438年2月25日，翁文浩被列入中國當局公布的戰犯名單。此時，為響應蔣介石關於官家先退的指示，翁已將父親、妻子、大兒媳和孫女送往臺灣省。他說不出心裏是什麽滋味，郁悶，後悔，不知所措，左顧右盼，坐立不安。他曾指著報紙上的戰犯名單無奈地說:“妳可以留下來，我要去臺灣省。”年底，翁文浩到了臺灣，住在嘉義中國石油公司的宿舍裏。他每天無所事事，所以不禁感到絕望。當人們貧窮時，往往很容易回憶起他們的過去，總結他們壹生的成功和失敗。在嘉義，他回顧了自己60年來的歷史，寫下了數萬字的編年史初稿。春節後不久，李宗仁的秘書程思遠突然從南京飛往臺灣省，向翁轉達李宗仁的口信，請翁先生擔任總統府秘書長。
翁本想問壹問蔣介石的態度，但他在與長子翁心源的溪口之行中，看到蔣介石不僅沒有真正退兵的誠意，反而調兵遣將，積極布置反* * * *的軍事行動，更促使他脫離蔣的束縛，支持李宗仁的和談。
三月七日，翁出任代總統李宗仁的總統府秘書長。此後，南京政府多次討論和談問題，翁出席了會議。4月1日，由張治中、、黃組成的南京政府代表團赴北平，開始與中國* * *產黨進行正式和談。翁文浩看著飛機向北飛去，暗暗祈禱和談成功，和平早日到來。
在南京政府最終決定是否接受和平協議的會議上，翁同意接受，而閻錫山等人極力反對。由於蔣介石的阻撓，南京政府最終拒絕在和平協議上簽字，翁的希望再次破滅。人民解放軍很快就兵臨城下，翁於4月23日在隆隆炮聲中飛赴上海。
在孫去省臺的前兩天，再次勸他讓辛媛留下來。翁心源也說不想去臺灣省，讓父親把妻女送回臺灣省。翁文浩表示支持新源的選擇，並在抵達臺灣省後不久將妻子和女兒送回大陸。他的四個女兒都結婚了，和丈夫各奔東西。另外兩個兒子分別在無錫和上海工作，翁文浩沒有讓他們跟他去臺灣。從5月20日到6月2日，他住在香港。到臺灣後，從7月14壹直待在香港。他心裏時常想念大陸，想有機會早點回上海。
9月27日，1949，孫遇到翁下船。經詢問，得知翁要去廣州，辭去李宗仁秘書長職務，離開國民黨政府。翁先生六十多歲了，壹個人東奔西跑。他不知道自己將來會在哪裏結束。孫不禁感慨萬千。他說:“翁先生，資源委員會的人都留在大陸了，我也快回大陸了。妳兒子媳婦孫女也在內地。只有妳和妳老父老妻在國外生活，晚景太淒涼。”壹陣江風向我撲來，翁文浩瑟瑟發抖，嘆息道:“我不想回大陸去。我不能。我的罪行太大了，得不到* * *制作方的諒解。”孫建議他先在香港住壹段時間，這樣他可以慢慢和* * *制作方聯系，得到允許回家團聚。這時，翁文浩擡頭道:“我還得想辦法回去。”說著，他的眼睛有點濕潤了。孫不想給他的老朋友增加負擔，於是他改變了語氣，自信地說:“只要妳有回國的決心，就沒有希望。現在重要的是做好兩件事:第壹，妳必須和壹直在利用妳的蔣介石劃清界限，發布‘反亂令’和‘黃金券’。這些事傷害了妳，妳應該恨他。”翁文浩覺得老朋友的話很有道理，問:“第二件事是什麽？”孫說:“第二件事是盡快把我的父母和妻子接到香港來。萬壹我以後回不了大陸，住香港比住臺灣好。”但此時他的小女兒剛生完孩子，應該不會出遠門。經過深思熟慮，他把父親和妻子從嘉義搬到臺北，和小女兒住在壹起。臺北是來香港的必經之路，有機會可以來香港，也可以及時去大陸。