此時，正值青春年華的馬曉軍躊躇滿誌，卻又深感困惑。她想尋求壹個職業發展點，讓有誌向的年輕人集中起來壹起奮鬥。於是他向廣西巡撫陳炳坤建議成立陸軍模範營，希望能集中力量，為以後的發展創造資本。為了改變部隊的素質，陳炳坤被任命為營長，初步實現了他的理想計劃。
時任廣西巡撫的盧榮廷出身於童子軍。他手下大部分都是巡邏舊軍，官兵不用學也能補上。當時的將領，除了陳炳坤比較理智，其他軍校畢業的學生都特別不敢重用。原因是擔心武昌起義時新軍陸續參加革命的事實重演。所以廣西的年輕軍官，想從保定陸軍軍官學校畢業後到廣西省工作，但大多被拒絕了。比如李、、廖雷、、何、等。後來大有成就的，軍校畢業後只好去湖南或者去專員辦找工作。因此，馬曉軍創辦了陸軍模範營，為從外國軍事學校畢業的年輕人返回廣西工作創造了壹個非常難得的場所。
馬曉軍被任命為模範營長後，開始著手組建營長:馬君義隸屬營長，羅京任副官，黃旭初、朱維楨、曾誌毅、蘇端任連長；黃、白崇禧、、周繼仁、許、俞芝芳、、梁、黃等23人附中，招收高中畢業學生600余人。淩亞希、馮晃、馬偉新等人通過考核後進行了入營宣誓。又由第壹師抽調精兵，提前訓練，擔任班長，所以幹部和士兵的水平相當齊整。而且訓練和教育都是日本模仿的，不愧是當時的模範軍隊。
模範營第壹期教育期滿後，馬曉軍帶領模範營幫助湘軍。模聯營成績斐然，備受高層贊賞。馬曉軍升任廣西國防軍副司令。他借機和督軍譚商量，建議把模範營的官兵調到老部隊去當教練。他想借機將部下安插到根據地省份的軍隊中，以壯大和培養自己的實力。他的建議被譚采納，於是模聯營的大部分幹部和學生都被調了出來，使他們也獲得了提升的機會，不再局限於模聯營。與此同時，升任營長，白崇禧、黃、沙威升任連長，本人升任第壹支隊支隊長。
1919年冬，馬曉軍因在援湘、打土匪中屢立戰功，回桂後被當局任命為兩營團長。和白崇禧被提升為團職，黃被提升為模範營長。
這時，馬曉軍也是團長，他的工作基礎表面上擴大了。然而，新分配的兩個營是盧榮廷的舊總部，他們與馬曉軍的新軍不投契。所以，1920年馬曉軍領兵兩廣時，孫中山領導的國民黨揭竿而起，推翻莫榮信(桂系)，馬曉軍當時急於響應，最後因為這兩個營而失敗。後來馬曉軍板石回桂到梧州，營長向盧榮廷誹謗馬曉軍，企圖陷害他。幸運的是，馬曉軍在盧榮廷面前得到了朋友們的寬慰。然而，馬驍的軍隊因此被轉移到百色，盧榮廷打算阻止馬曉軍接近廣東，並與廣東軍隊勾結。
1921五月，孫中山在廣州就任總統。廣西總司令盧榮廷奉北洋軍閥政府之命，分兵三路進攻廣東。廣東方面選擇派遣密使到廣西作為內部代理，然後反攻廣西。粵軍攻桂時，盧榮廷在懷集、梧州與劉、沈反目，也在百色舉旗。陸榮廷看到自己的實力不行了，就被逼出了辦公室。廣西被孫中山領導的革命軍占領，任廣西天南路警備司令，擴編兵力為壹個營，分為白崇禧為第壹司令，黃為第二司令。沙威和韋雲淞是營長。馬曉軍擴軍未完成，粵軍總司令陳炯明背叛孫中山總統，將廣西的粵軍調回廣東。廣西盧榮廷，舊軍稱自治軍趁機抗擊廣東客家軍。奉廣西巡撫馬之命，將的軍隊從百色調至南寧，以助保衛南寧，與自治軍抗衡。
黃帶領的軍隊去南寧，當他到達南寧時，他看到形勢不利。在黃的積極建議下，他轉向靈山撤退。馬曉軍在這裏離開軍隊和陳雄去北海，然後去了廣州。黃指揮的軍隊。黃率部到榆林與李宗仁合作。
馬曉軍抵穗後，被孫中山指定為元帥府大本營參軍。此後歷任國民革命總司令部高級參謀、軍委辦公廳主任、軍政處處長。在1930年代和1940年代，他擔任海外華人事務委員會的成員和立法院的立法委員。
1929年3月27日，蔣桂戰爭爆發，廣西部失敗。1930八月21黃電蔣介石的“和平談判”。65438年10月26日，由於黃和白崇禧是的舊部，李和陳邀請馬主持兩廣和平。這壹天，國民政府派馬曉軍從上海到香港到梧州去整頓桂系。
馬曉軍熱心公益事業，在廣西發起建設吳波公路，開創了全省路政管理的先河。在南京重建兩廣賓館，讓在南京的兩廣鄉親們有個聯誼。他還在南京創辦了兩廣中學。抗戰期間，馬曉軍在桂林生活，創建了世界紅十字會廣西分會，為抗戰籌集了大量資金。
馬曉軍遷至臺灣省。1959年2月23日夜，他在探訪白崇禧歸來的路上，被壹輛美國軍車撞成重傷，經醫院搶救無效死亡，享年79歲。其骨灰原葬於臺北士林鎮大芝山。白崇禧著有《立委馬先生墓表》、《馬曉軍的行為》。舉行國葬時，蔣介石題詞:“誌長而昭”。張發奎、黃旭初主持了粵桂會舉行的追悼會。農歷八月初四，根據馬曉軍的遺願，他的骨灰被轉移並安葬在榮縣松山鎮祠堂村高英嶺。
深受儒家思想的影響，馬曉軍謙恭有禮，謹慎嚴謹，不煙酒成癮，關心後輩。著作有《廣西革命軍探源》、《中國軍隊比較》等。
馬曉軍壹生最值得稱道的成就是創建桂軍模範營。培養了黃、白崇禧、、等壹批新桂系重要將領，為統壹廣西做出了貢獻。