深圳市南頭中學的始祖是鳳崗書院，建於1801，距今已有200多年的歷史。1906，書院更名為鳳崗學校，增設近代自然科學、社會科學等學科。
深圳經濟特區建立後，南頭中學的教學管理水平和教學質量是優秀的。
自1995以來，南山區投資近6000萬元建設了壹所現代化的新南方中學。學校占地面積約52000平方米。
校友遍布全球，被譽為“深圳教育之根”。學校先後獲得全國示範性普通高中、廣東省壹流學校、廣東省優秀學校、深圳市高中教育教學先進單位、深圳市高考先進單位、深圳市高考優秀獎、深圳市辦學效益獎、廣東省書香校園、深圳市校園文化特色學校等榮譽。
學校毗鄰南投新安古城，交通便利。校園背靠中山公園，百年古樹遍布，環境優美，是繁華都市中不可多得的寧靜港灣，也是學生學習和求知的絕佳場所。
“百年樹旁讀萬卷書”是南投中學引以為傲的校園景觀。
學校改擴建工程已全面完成，包括400米標準運動場、體育館、大型圖書館、天文臺、校史館、榮譽室和各類功能教室。