雖然在1523年，波旁主要家族被剝奪了爵位，失去了領地，因為其公爵查爾斯三世涉嫌叛國。然而，經過200多年的繁衍，其波旁分支也獲得了許多其他稱號。以及拉馬什-文多姆分公司(La Marche-Vend？Me)成為日後波旁王室的主軸。
自1523以來，由於繼承人問題的爭議，波旁的爵位壹直空缺，其資產暫時歸法國王室所有。1527年，法國國王弗朗索瓦壹世將波旁公國和公爵稱號授予文多姆公爵查爾斯。此後，拉馬什-文多姆分支收購了波旁公國，這也是波旁家族日後問鼎法國王位的重要資本。
納瓦拉國王查爾斯三世的兒子亨利四世和第九代波旁公爵安托萬·德·波旁於1548+10月12日迎娶了納瓦拉王後楚蘭娜·達布雷特。他們的長子亨利·德·波旁在他母親於1572年去世後繼承了納瓦拉王國。是納瓦拉國王亨利克三世，波旁家族從此進入王國。雖然此時納瓦拉的領土只是全盛時期的壹小部分，但足以成為波旁家族日後爭奪法國王位的重要根據地。
當亨利·德·波旁在納瓦拉時，他跟隨母親加入了新教胡格諾教派。由於亨利的法國貴族身份，他在繼承納瓦拉王位時成為了法國胡格諾派的領袖。再加上波旁家族的其他分支，與吉斯家族發生了爭執，吉斯家族主導了法國政壇，被天主教狂熱分子所把持。亨利不可避免地卷入了殘酷的法國宗教戰爭。為了保護自己，亨利幾次皈依天主教，但私下裏他仍然保持著對胡格諾派的忠誠。
宗教戰爭不僅俘虜了大量法國平民傷亡，也間接導致了瓦盧瓦-昂古萊姆家族的衰落。昂古萊姆王朝的第二位君主亨利二世的三個兒子都成為了法國國王，其中弗朗索瓦二世和查理九世都英年早逝。他們的弟弟亨利三世繼承王位，最小的弟弟阿蘭孔公爵弗朗索瓦成為王儲。1584年，王儲弗朗索瓦遇刺身亡。根據薩利克的繼承法，法國王位只能傳給雨果·卡佩的男性後代的男性，波旁家族是第壹繼承人。亨利·德·波旁成為法國王位的合法繼承人，被法國宮廷軟禁，受到王室庇護。
亨利·德·波旁的胡格諾派背景引起了許多法國天主教徒的不滿，他的法國之路充滿了危機。另壹方面，波旁家族的另壹個分支波旁-布塞特(Bourbon-Busset)比亨利所屬的拉馬什-文多姆(Ramarsh-Vendome)分支更接近統治的瓦盧瓦-昂古萊姆(valois-OnGulaim)家族。。【出處請求】只有布塞特分支的祖先被取消了繼承王位的資格，因為他的婚姻沒有得到法國國王路易·Xi的批準。但最終，亨利三世在1589年遇刺身亡後，亨利·德·波旁成功成為法國國王。納瓦拉王國也被並入法國，納瓦拉國王成為歷任法國國王眾多稱號中的壹個。
亨利四世登基後，主動結束了困擾法國多年的宗教戰爭，使法國經濟得以復蘇。1598年，亨利四世頒布《南特敕令》，實行宗教寬容政策，使許多新教工匠留在了法國，促進了法國經濟的繁榮。然而，亨利四世的宗教寬容政策隨著他的去世而終止。
1700年，西班牙哈布斯堡王室最後壹位男性卡洛斯二世去世，結束了哈布斯堡家族對西班牙長達五代的統治。卡洛斯二世的遺囑把王位傳給了他的侄子菲利普，孫安茹公爵，波旁家族的第二位法國國王路易十四，而不是他的奧地利堂兄。路易十四立即讓他的第二個孫子為西班牙國王費利佩五世登上西班牙王位。然而，他捍衛孫輩繼承權的強硬立場導致了1702年西班牙王位繼承戰爭的爆發。
戰爭壹直持續到1711年。此時，波旁王室已在西班牙站穩腳跟，並表示願意為英國和荷蘭商人提供貿易優惠和擔保，這導致了哈布斯堡聯盟的崩潰。1714年，兩國簽訂和約，奧地利哈布斯堡王室承認波旁王室為西班牙，但腓力五世及其後裔不得不放棄繼承法國王位的權利。從此，西班牙和法國的波旁王室正式分家，這也揭開了波旁王室斷斷續續統治西班牙三個多世紀的主頁。
法國的宗教寬容期隨著亨利四世的去世而逝去，隨後波旁君主恢復了對新教徒的壓迫，導致大量信奉胡格諾派的工匠離開法國。再加上皇室生活奢侈，國家連年用兵，導致法國經濟逐漸衰落。伴隨經濟衰退的還有社會矛盾，稅收制度不公、政府腐敗、羅馬天主教會特權、土地兼並嚴重等，這些都增加了法國的社會不穩定性。美國獨立戰爭引起了法國的民主思潮和啟蒙思潮，成為法國大革命的催化劑。
1789年，由於法國王室財政問題，法國國王路易十六被迫重開三級議會，但增稅要求被駁回，導致法國資產階級與王室武裝鬥爭。資產階級代表壹開始只是把國體從君主專制改為君主立憲，但也遭到歐洲列強的反對，然後趁機入侵法國。此時，路易十六的王後瑪麗·安托瓦內特(Marie Antoinette)涉嫌向家人通報奧地利的情況，引起了極大的公憤。波旁王朝終於在1792年8月被巴黎人民起義推翻。最終，路易十六成為法國歷史上唯壹壹位在1793年6月+21年10月被送上斷頭臺的君主。
路易十六被處決後，壹些保皇派聲稱他們的長子路易王子？查理是法國國王路易十七。但當時法國已經是共和制，這種主張沒有實際作用。而法國的路易十七在法國大革命中沒有活下來，於1795年死於獄中，享年10歲。此後，路易十六的弟弟、流亡俄羅斯的普羅旺斯伯爵成為王位繼承人。
法國大革命時期不完善的政府制度造就了法國人民的皇帝拿破侖。但是法國和拿破侖的霸權並沒有持續多久。1814年，拿破侖倒臺，流亡英國的普羅旺斯伯爵在法國反拿破侖軍新富的歡迎下，回到自己的國家做了法蘭西國王路易十八。在軍隊和資產階級的壓力下，路易十八被迫接受自由憲法。
然而好景不長。拿破侖於1815年3月回到巴黎，重建帝國，建立百日王朝。路易十八逃走了。滑鐵盧戰役後，路易十八得到恢復。而他和他的哥哥查理十世壹直致力於維護保皇黨在國會的權力。法國大革命時期的壹些政策也被兩人廢除，因為被認為傾向於自由主義。這些舉動讓波旁王朝失去了民心，最終導致了1830的七月革命爆發。
查理十世的保守政策終於在1830年挑起革命。當年，法國國王查理十世試圖推行鎮壓法，引發叛亂，史稱“七月革命”。大革命後，法國議會讓奧爾良公爵路易·菲力浦三世(Louis Philippe III)作為法國國王路易十三的次子菲利普的第八個孫子繼位，並正式封為“法國國王”路易·菲力浦。因為他以波旁-奧爾良為姓，所以他的七月王朝也被稱為波旁-奧爾良王朝。
路易·菲力浦走的是中間路線，但還是解決不了法國經濟持續衰退的問題。1846的工農業蕭條導致了1848的二月革命，迫使他退位。從此，再也沒有波旁王室或其分支成員能夠統治法國，法國的波旁王朝正式宣告結束。
1830革命後，查理十世被迫退位。但支持他的保皇派拒絕承認這壹決定，繼續將他和他的後代視為法國國王。1848年路易·菲力浦退位後，他的支持者繼續支持他和他的後代成為法國國王。因此，法國保皇黨分裂為支持北方不同王公的兩派。壹個是支持查理十世及其後裔的主要派系(Légitimisme)和支持路易·菲力浦的奧爾良派。
查理十世的孫子，伯爵亨利·查爾斯·費迪南·迪尤多恩·德·波旁去世。根據以薩利克為基礎的法國繼承法，王位的權利應該給與尚博伯爵有最密切血緣關系的表親。諷刺的是，這個角色就是當時奧爾良分支的首領，巴黎伯爵菲利普。宗法支持者不想與奧爾良派合並，於是不惜否定西班牙國王菲利普五世放棄法國王位繼承權的決定的合法性，在西班牙設立伯爵表親，西班牙的卡洛斯派莫滕森伯爵胡安·卡洛斯·瑪麗亞·伊斯杜拉·德·波旁為其首領。
由於莫蒂森伯爵繼承法國王位的合法性受到質疑，許多主線保皇派轉而支持奧爾良分支。此外，莫蒂森伯爵的曾孫阿方索·卡羅斯·德·波旁(Alfonso Carlos de Bourbon)於1936年無子而死，不得人心的西班牙國王阿方索十三世成為主線領袖，使得奧良分支成為波旁保皇黨的主流。
如今，宗教派的領袖是路易斯·阿方索·貢薩洛·維克托·伊曼紐爾·凱爾·德·波旁-馬丁內斯，安茹公爵，西班牙波旁王朝阿方索十三世的次子詹姆·德·波旁的長孫。巴黎伯爵亨利·菲利普·皮埃爾·瑪麗亞·德·波旁(Henri Philippe Pierre Maria de Bourbon)，奧爾良派的首領，是法國國王路易·菲利普的第六代後裔。