《紅旗歌》在北平1949五壹首演後，受到文藝界和廣大人民群眾的高度贊揚。紅軍戲劇家李伯釗隨即在《人民日報》發表文章說:“紅旗歌配紅旗。這是群眾的呼聲！”茅盾在新中國成立後的第壹篇文章《從紅旗歌》中說，“這是壹個好劇本，看過的人沒有不稱贊的”。曹禺稱贊劇本中生動的群眾語言的運用，“臺詞寫得絕對。”
同年7月在第壹屆文藝大會上演出後，《紅旗歌》受到南京、上海等新解放城市文藝工作者的好評，成為解放區戲劇的精品，為解放區的文藝贏得了榮譽。新中國成立前後的兩年間，全國各省市至少有30個劇團排演了該劇，並在全國各地演出。在南京，他“打破了影院的票房紀錄”。上海的戲劇電影業由導演沈復、演員馬蘭、黃宗英等豪華演出組成，日夜不停，持續三個多月。他們在演出總結報告中說，這部劇的演出“推動了新中國的戲劇運動”。《中國戲劇通史》宣稱對當年的戲劇創作具有開拓意義。
周恩來總理非常重視和喜愛《紅旗歌》，並派首演該劇的華北聯合大學第三藝術團到中南海演出，熱情鼓勵和慰問藝術團的同誌們。吳祖光同誌奉命將該劇改編成電影，但未成功。周總理邀請他到家裏談話，鼓勵他努力改進，可惜沒有得到。
當時，日本和民主德國很快將《紅旗歌》翻譯成日文和德文出版。壹些戲曲工作者還把《紅旗歌》改編成了戲劇。比如上海有越劇愛好者把它改成越劇劇本，由勞動出版社出版。
由於極左思潮和宗派主義，紅旗宋也受到了不公正的批評。現在烏雲已經散去，歷史已經給出了馬芬修女這個人物是否真實的答案。但是，某種意義上，我還是要感謝這種批評，因為周揚正是為了反駁這種批評，才寫下了他壹生中唯壹的壹篇劇評。
2007年，中國戲劇誕生百年，《紅旗歌》被收入《中國百年戲劇選萃》，進壹步凸顯了其“紅色經典”的歷史地位。