在少數情況下，可以發現新的生物體侵入後鼻孔，這些生物體大多是肉芽組織。
2.鼻咽鏡檢查
這對診斷極其重要。
(1)間接鼻咽鏡檢查要反復進行，仔細尋找可疑的地方。若咽反射敏感性試驗未能配合，可在表面麻醉後復查；如仍不成功，可用軟腭牽開器將軟腭拉開，或用細導管插入前鼻孔，其前端從口中拉出，後端留在前鼻孔外，兩端扣緊固定，將軟腭向前牽拉，使鼻咽部充分暴露，即可進行活檢。
(2)鼻咽纖維鏡或電子鼻咽纖維鏡檢查柔性光纖鏡。經鼻腔(表面麻醉後)可全面細致觀察鼻咽部，攝影、錄像、活檢可行。它是檢查鼻咽的最有效的現代工具。
3.病理檢查
(1)活檢可經鼻途徑，也可經口途徑。如果活檢是陰性的，那些仍然感到可疑的人應該重復檢查並密切隨訪。
(2)頸部淋巴結活檢或頸部淋巴結細胞學穿刺塗片檢查如果頸部淋巴結腫大、變硬，應做頸部淋巴結穿刺塗片檢查。如果鼻咽部無明顯可疑病變，應考慮淋巴結活檢。
(3)鼻咽部剝脫的細胞學診斷可輔以適當的材料、即刻固定、染色和檢查。以下情況比較適合此檢查:治療期間定期檢查，動態觀察療效；對於隱匿性癌癥患者，可從多個部位取樣送檢；用於大規模人口普查。
(4)細針吸取細胞學(FNA)對診斷轉移性鼻咽癌非常有價值，如頸部淋巴結受累，此方法可用於評估原發腫瘤。它具有安全、簡便、快速、結果可靠等優點。
4.CT掃描
CT掃描分辨率高，不僅能顯示鼻咽癌淺表結構的改變，還能顯示鼻咽癌對周圍結構和咽旁間隙的浸潤，還能清晰準確地顯示顱底骨和顱底受侵情況。
5.磁共振成像(MRI)
MRI在軟組織中的分辨率高於CT。MRI檢查可以確定腫瘤的位置、範圍和對鄰近結構的侵犯。MRI對放療後復發的鼻咽癌有獨特的療效。它可以區分組織纖維化和放療後復發的腫瘤。復發性腫瘤為不規則腫塊，可伴有侵犯鄰近骨或/和軟組織結構及淋巴結病。放療後纖維化呈局限性增厚塊狀或局限性不規則斑片狀結構，與鄰近組織界限不清。在T1加權像上，復發腫瘤和纖維化組織多呈低信號；在T2加權圖像上，復發腫瘤顯示高信號強度，而纖維組織顯示低信號強度。
6.6的檢測。EB病毒外殼抗原-IgA抗體
鼻咽癌患者血清中EB病毒衣殼抗原-IgA抗體(VCA-IgA抗體)水平最為顯著。目前，免疫酶法在中國應用廣泛。