與胃鏡相比，腸鏡的痛苦較小。通常妳前壹天吃藥，第二天早上放在水裏喝壹大瓶，壹定要把大便清理幹凈。不然大腸裏有糞便，檢查的時候看不清楚。如果妳想感覺舒服，還有膠囊鏡檢查。吞下壹個膠囊鏡就好了。膠囊鏡由燈泡照明，每隔幾秒鐘拍攝壹次。醫生也可以直接從電視屏幕上看到病人壹點痛苦都沒有。但這是自費項目，至少要五千塊錢。
做腸鏡時，由於檢查需要，會註入少量氣體，會有腹脹感。這個時候肛門會放松，氣體會排出。
另外，由於腸腔彎曲，鏡子轉動時會碰到腸壁，或者深入鏡內，然後會感到短時腹痛。
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