1941年3月，臺灣教育令再次修訂，小學、私立學校、公立學校全部更名為國立學校。迄今為止，日本兒童的小學制度已不再實施。但臺灣省1941年後的小學，在實際操作上還是與當地公立學校有所不同。直到1945二戰後，由於日據時代的結束，學制才正式消失。
戰前有15所只能讓日本孩子上的小學，學生2萬多人。學生人數遠不如80多萬的臺灣孩子，但他們99%的出勤率或者說個人資源都比臺灣孩子就讀的公立學校要好。1945之後，隨著50萬人離開臺灣回到日本，所有的小學都被廢除或者變成了普通小學。
1953日本華僑學校成立，繼續臺灣省日本兒童的教育。然而，日本華僑學校的規模和私立學校的辦學性質與日據時代的小學完全不同。