在唐朝，這裏是壹片荒野叢林。627年，貞觀元年，這裏建了壹座佛寺。這壹年，唐太宗李世民登基，唐朝的盛世開始了。此後歷經唐、宋、元，佛寺香火不斷。
1341年，元順帝登上王位，擁有壹個完美的頭銜。這是元朝統治集團瓦解，社會政治經濟混亂，紅巾軍起義和朱元璋軍隊穩步發展，元帝國滅亡的前夜。舜帝下令重建寺廟，給它起了壹個名字來表達崇拜的意思。顯然，它具有崇拜和模仿李世民以治唐、救大元於危難的深刻意義。結果元朝就完蛋了。公元1522年，明朝世宗登基，年號嘉靖。這壹年，掌管內官監的太監傅園和高僧留下空僧，壹心修繕小蟲寺，使其煥然壹新。這時，寺廟的規模就敲定了。主要建築有山門、天王殿、大雄寶殿和後殿。嘉靖三十年(1551)，內官監太監李朗捐資在殿中央修建藏經閣。萬歷年間，風水先生認為位置不好，就把藏經閣搬到了寺後。藏經閣東北有個平臺，後面有個僧塔。僧塔周圍種植了數千株棗樹。初夏的花如蜜，秋天的果如雲紅，說明寺廟是壹個奇觀。
有兩個寺廟，嘉靖年間雲陽知府夏紫開北和萬歷年間翰林院檢討區大祥碑，分別描述了寺廟的修復和擴建。隆慶五年(1571年)，又立萬源碑，足見佛教因緣的圓滿。這座碑造型奇特——碑頭雕成瓦房形狀，檐、拱壹應俱全。碑心雕成壹尺左右高的小碑，刻有碑文。小平板的上、下、左、右共有158個平行的格子，每個格子都有房子形狀，每個“小屋”裏都刻著壹萬多人的名字。清代詩人兼刑部尚書王世貞拜訪了當時的住持武雪大師，並陶醉在這芳香之中。他錯誤地把壹大片棗林比作壹個佛教國家——林坦，心裏又涼又喜。當太陽落山時，他拒絕離開...後來，他周圍的住宅越來越多，形成了胡同和街道，並以事物命名，於是有了小蟲胡同和棗林街。今天，白紙坊小學是小蟲寺的舊址，藏經閣仍在那裏。是宣武區級文物保護單位。
1949年，印鈔局改為中國人民印刷廠，承擔了印制人民幣的任務。為了容納更多的學生，孩子們的小學搬到了北面白光路西側的小蟲廟舊址，辦學規模逐漸擴大，容納了1.200多名學生。
清代《夕陽舊事考證》記載，元末至貞觀初年，皇室在唐代貞觀元年(627年)修建的壹座古寺的遺址上修建了壹座寺廟，被元順帝命名為“小蟲寺”。山門的石碑上刻著“崇兒殿”，現保存在藏經閣下。小蟲寺重建於明朝天順年間，嘉靖三十年(1551年)在寺中心修建了佛經亭。萬歷二十壹年(1593)，因藏經閣受損，在殿後重修。重建後的藏經閣仍在白紙坊小學校園內。1990被列為北京市宣武區文物保護單位，現為校史陳列館。藏經閣東側有五間辦公室，是民國時期該寺住持所升的東花廳。室內墻壁上鑲嵌著民國時期著名書法家陳的《東花廳》題字和草書硯臺。陳，湖南湘鄉人，清光緒四年(1878)生。他通過考試後被推薦去日本留學。1910畢業於日本帝國大學法律系，曾任湖南省高院院長、大理院院長，創辦了當時頗有影響的“國學學會扶危會”。陳擅長草書，曾在寺、法源寺、文天祥丞相祠、國子監、夫子廟、東嶽廟、陶然亭等名勝古跡留下詩文題字。
據清代光緒順天府的記載，小蟲寺藏經閣周圍種植了數千株棗樹，於是清代初學者王世貞又給小蟲寺起了壹個別稱“棗花寺”。從千棗樹到光緒年間僅存幾棵，但以棗樹命名的地名“棗林錢潔”壹直沿用至今。老廟遺址前的“小蟲胡同”也是以小蟲廟命名的。
洪承疇在明末被松山、興山打敗，被俘後向清朝投降。洪承疇的壹個副官，姓張，來自揚州，拒絕投降。他隱居在JD.COM盤山，出家為僧，法名“知普”。芝浦繪《松紅杏圖》影射松山、興山之戰，寄托戰敗、流亡有家之痛。芝罘後來把這幅畫卷帶到了北京的小蟲寺。
清初著名詩人王世貞遊覽小蟲寺時，發現了壹棵松樹和壹顆紅杏的圖畫。嘆息之後，他在畫卷上題詩。此後的300多年間，朱彜尊、翁方綱、紀曉嵐、林則徐、康有為、梁啟超、魯迅等數千名人先後作詩，畫卷先後被裱成30余尺長的長卷。卷起來後直徑有牛腰那麽粗。也有不少附庸風雅、無聊之人，在畫卷上狗尾巴加貂，亂寫詩，有的甚至把名字放在古代名人的詩旁，以此來提高身價。1903年，張之洞來到小蟲寺，“不許看松紅杏圖”，因為在1900年“庚子之亂”期間，小蟲寺遭遇了軍事災難，松紅杏圖壹度流散在民間。雖然卷軸在10之後回到了殿中，但是很多名人都寫到了雍正和清朝的紅杏。
白紙坊小學校園裏的兩棵高大的楸樹都是小蟲廟留下的古樹。楸樹是屬於楸樹屬的樹，屬於海膽科。每年春天，這兩棵楸樹都會開出上萬朵丁香花，把校園襯托得五彩繽紛。因此，學校將適逢花季的校慶日命名為“梓節”。
北京的楸樹只有33棵，僅存於故宮、皇家園林、宮殿和古剎中。楸樹自古享有“美木”、“木中之王”的美稱，經常被文人騷客吟詠。唐代李淵有詩“幾時謝侯爺隱松樹，雙鶴還在玉塔旁”；宋代蘇東坡有詩“當蓋頂，勝於白頭，所以山青天夢松樹”；明代米有詩“當高閣樓閣滿松樹，雲滿煙綠。”在北京故宮的寧壽宮花園裏，壹棵古楸樹旁建有壹座古華軒，是乾隆皇帝觀賞楸樹開花的地方。乾隆皇帝為古華軒所寫的對聯寫道，“明月清風無止境，長柏為良友。”。在故宮禦花園的坤寧前，也有兩棵梓樹，在清代被稱為“聖樹”。每年從關外奉天(沈陽)運來黃土，種在樹根下，以示不忘故鄉，因為古人把楸樹與桑樹、楸樹、松樹並列，稱之為“桑梓”，視為故鄉的代表。
舊日，小蟲寺內有清初王世貞、朱彜尊等名人種植的李樹、丁香、海棠，還有來自山東曹州的珍稀綠牡丹、墨牡丹。朱德、徐特立、黃炎培曾經來校園賞花。後來由於學校擴建教室，牡丹被移植到北京中山公園。