事業單位績效工資和企業績效工資的主要區別在於資金的來源和保障。績效工資完全取決於企業的盈利能力，根據企業的薪酬策略和績效考核結果發放；但是，機構不同。根據不同類型的機構，義務教育階段中小學績效工資的經費來源和保障是不同的。
中小學績效工資經費主要由縣級財政保障，省級財政統籌，中央財政對中西部和東部部分財力薄弱地區給予適當補助。其他事業單位實施績效工資所需經費，根據事業單位類型不同，由財政和事業單位共同承擔，但事業單位收入如何規定，是今後需要解決的問題。如果公益組織的主要目的是創收或者提供公共服務，同時還要收取高價，這就背離了公益組織的本質，這些都需要通過制度來規範和安排。
與行政單位的區別。
(1)內涵不同——行政單位屬於國家機關，事業單位屬於社會服務組織。
(2)職責不同——行政單位負責組織、管理和指揮國家各項行政事務；以及從事教育、文化、衛生、科技等社會公益活動的事業單位。
(3)編制和工資來源不同——行政單位使用的行政編制由國家行政經費承擔。事業單位使用企業編制，由國家企業經費承擔。事業單位有全額撥款，部分撥款，事業單位企業化管理。行政單位工作人員的工資根據公務員法由國家承擔，事業單位則根據不同的管理模式區別對待。
法律依據:
事業單位登記管理暫行條例(2004年修訂)
第二條本條例所稱事業單位，是指國家機關或者其他組織利用國有資產舉辦的以社會公益為目的，從事教育、科技、文化、衛生等活動的社會服務組織。
事業單位依法設立的營利性事業組織，必須實行獨立核算，依照國家有關公司、企業和其他事業組織的法律、法規進行登記管理。