哥白尼為什麽猶豫要不要出版這本書？原因是他害怕教會對這種新興科學理論的迫害。
早在哥白尼在義大利生活的時候，亞歷山大六世皇帝就重新頌揚“神諭”，禁止出版未經教會審查的書籍，所有可疑的書籍都被焚毀。
雖然他是壹名僧侶，但Skelter信奉無神論。他自己不做聖事，還嘲笑別人做聖事。他非常欽佩哥白尼，他們很快成為知心朋友。這引起了霍爾茨武什和新主教揚·丹提塞克的懷疑。丹提謝克是個非常陰險的家夥。他看到如果《奔跑》出版，他所維護的神學殿堂將會分崩離析。於是，丹提塞克開始壹步步向哥白尼推進。他首先希望哥白尼斷絕與斯凱爾特的聯系，但哥白尼嚴詞拒絕。斯凱爾特後來被羅馬天主教會逮捕。
很快，丹提塞克就以院長弗隆堡的信息為依據，強迫哥白尼和安娜脫離關系。哥白尼和安娜共同生活了近十年，感情深厚。哥白尼對丹蒂舍克的無理要求提出抗議，但丹蒂舍克說安娜已經讓哥白尼“被趕出了他的頭腦”，為了他的“靈魂得救”，他命令安娜立即搬出弗隆堡。哥白尼在悲痛和憤慨中，幾次撕掉長袍，威脅要還俗。為了繼續哥白尼的寫作工作，安娜不情願地離開了瞭望塔。不久，她再次被驅逐出境。
在此期間，羅馬天主教會也被哥白尼的理論所震驚。1533年，教皇克雷芒七世請人解釋“太陽中心論”的基本原理。哥白尼學說的革命性內容震驚了教皇，他決定想辦法控制哥白尼的手稿。1536年，壹位紅衣主教寫信給哥白尼要壹份手稿，哥白尼拒絕了。
意大利天文學家伽利略(1564 ~ 1642)曾說:“壹想到我們的老師哥白尼的命運，我就感到害怕。”但是教會的迫害並不能阻止《操作》的出版，哥白尼的鬥爭得到了很多人的支持。
1539年春天，壹位年輕的學者帶著許多珍貴的書籍千裏迢迢來到弗倫堡，拜哥白尼為師。他就是德國維滕貝格大學的數學教授萊蒂克，後來成為哥白尼唯壹的學生。在萊蒂克的鼓勵和支持下，哥白尼很快振作起來。他們壹起修改了《操作》的原始版本，並積極準備出版。此時，丹提謝克聽說哥白尼收留了壹個“邪教”，下令搜查修士們的住宅，看是否有“充滿路德教毒素的書籍”。
積極支持哥白尼出版《運籌學》的，還有他的朋友鐵德曼·吉喆，鐵德曼是芙蓉堡的壹名修士，很早就認識哥白尼，壹直支持他的科研工作。後來，鐵德曼被提升為柳瓦巴教區的主教。看到哥白尼的困境，他邀請哥白尼和萊提克到柳瓦巴的梵蒂岡訪問，以便他們能集中精力敲定工作。丹提謝克隨即威脅鐵德曼，宗教裁判霍茲武什也說在鐵德曼的作品中發現了什麽“荷蘭邪教”，企圖以此來歸罪他。
此時，哥白尼的理論在社會上也引起了很多批評。新教徒(路德教徒)比老信徒更敵視哥白尼的理論。馬丁·路德曾諷刺說:“這個傻瓜想推翻整個天文學！”《宗教宣言》的作者菲利普·梅蘭切爾頓(Philip Melancholton)也指責哥白尼“不顧眼前的事實在做夢。”
厄爾布朗格市也發生了壹場鬧劇。它諷刺了壹個自命不凡的天文學家，把自己的作品鎖在櫃子裏胡說八道，最後被魔鬼裝上馬車，送進了地獄。這出戲當然是暗指哥白尼。原來哥白尼發表論文聲明當時彗星的連續出現完全是自然現象，與人們的生活無關，得罪了教會，教會就采取這種卑鄙的伎倆公開侮辱哥白尼。
盡管環境險惡，哥白尼沒有妥協。1541年，他終於下定決心印出自己的作品。
哥白尼把他幾十年心血的結晶《手術》手稿交給了他的朋友鐵德曼，柳瓦巴教區的主教，他又把手稿交給了萊蒂克。萊提克被邀請到碧溪大學任教，於是他把這本書的出版工作交給了他的朋友、紐倫堡的出版商奧塞·安德爾。奧塞·安德爾研究過天文學。在領袖梅董的授意下，篡改手稿，刪除哥白尼學說的部分內容，試圖使科學容納當時社會的舊認識。
1543年5月24日，當這部巨著付印送到弗倫堡時，久病不愈的哥白尼正處於危險之中。醫生索爾法把書放在被子上，哥白尼的手放在書上。哥白尼用他虛弱的手痙攣地抓住了書。哥白尼已經奄奄壹息，壹小時後他就去世了。
《奔跑吧》在世界上流傳了300多年，遍體鱗傷。
直到19世紀中葉，在布拉格的壹個私人圖書館裏才發現了手術手稿。1873年，補充哥白尼原序的《天體運行論》出版，但仍未增加原子論壹章。1953年《天體運行論》第四版出版時，對原有章節進行了全部補充。此時，哥白尼已經去世410年了。