斯內普是對的。哈利打算在他17生日之前離開德思禮壹家。那天晚上，哈利讀了阿不思·鄧布利多的朋友埃爾菲亞斯“狗呼吸”多吉寫的訃告，也在報紙上讀到了鄧布利多的家庭文化。它介紹了鄧布利多的哥哥阿不福思和妹妹阿瑞娜，這讓哈利非常難過。他很遺憾他沒有機會了解更多關於鄧布利多的事情。
德思禮壹家被兩個巫師安全送走，然後鳳凰社的成員秘密送走了哈利。雖然鳳凰社的六名成員分別服用了復方湯劑，變成了哈利的樣子，但他們還是在和海格壹起的路上被放了出來，因為哈利的習慣是使用解除武裝的咒語，以免傷害到別人。伏地魔和食死徒半路襲擊了哈利，但是哈利的魔杖還是損壞了伏地魔的魔杖。不幸的是，哈利的貓頭鷹海德薇被殺死了。哈利終於在陋居加入了鳳凰社。喬治·韋斯萊在路上被斯內普丟掉了壹只耳朵，瘋眼漢穆迪被伏地魔殺害了。哈利生伏地魔的氣，想象伏地魔問制造魔杖的奧利凡德，為什麽他的魔杖打不過哈利的。
幾天後，魔法部長來到韋斯萊家，把鄧布利多的遺產帶給了哈利、羅恩和赫敏。對羅恩來說，鄧布利多的燈(或熄燈器)可以吸收所有的光。赫敏收到了壹本用古代符文寫的兒童讀物。哈利的是戈德裏克·格蘭芬多的劍，也是哈利的第壹個金色飛賊。魔法部長暫時扣留了這把劍。他們三個不明白為什麽要給他們這些東西，但哈利看到他的金色飛賊上有壹句話，“我在最後打開了。”
第二天，比爾·韋斯萊和芙蓉·德拉庫爾結婚了。婚禮快結束時，消息傳來，伏地魔已經占領了魔法部。哈利、羅恩和赫敏去參加婚禮了。他們先是躲在壹家麻瓜咖啡館裏，但食死徒馬上追上了他們，於是他們搬到了布萊克家的老房子格裏莫廣場12號。這是三個人突然意識到在湖裏發現的伏地魔的盒子上寫著R.A.B，可能是小天狼星布萊克的弟弟古勒。他試圖回到湖邊摧毀伏地魔的魂器，但他死在了那裏。然而，家裏的小妖怪克利切被三個人說服，告訴他們蒙頓格斯·弗萊奇從這裏偷走了盒子。弗萊徹被克利切抓住了，他不情願地承認他用盒子賄賂了多洛雷斯·烏姆裏奇以避免被捕。
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漂浮在水面上的魷魚
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二樓
在魔法部調查了壹個月後，這三個人打算潛入魔法部。他們拿走了二重身的藥，伏擊了三名魔法部的工作人員，並試圖從烏姆裏奇那裏偷走魂器。三人進入魔法部後，發現很多變化，有麻瓜血統的巫師被公開審問。原來的噴泉不見了，在那個地方立了壹座雕像。兩個巫師，壹男壹女，坐在壹堆麻瓜骨頭上。三人在人群中被分開，但烏姆裏奇在詢問麻瓜後裔時終於被發現。這三個人打倒了烏姆裏奇，拿走了魂器。三人釋放了幾名麻瓜血統的巫師，並勸說他們盡快離開這個國家。但Iaccore發現三人住在格裏莫廣場12號，於是三人只好逃到鄉下，壹路流離失所。
幾個月後，三人無意中聽到壹段對話，說魔法部的格蘭芬多劍是假的，真的不見了。哈利查閱了菲尼亞斯的畫像。原來鄧布利多用那把劍摧毀了壹個魂器。哈利要去尋找真劍的下落，但羅恩反對說，找到那把劍沒有意義。羅恩在和哈利大吵壹架後離開了球隊。哈利和赫敏非常沮喪，但他們決定去高錐克山谷。也許鄧布利多把真劍留在了那裏。
在高錐克山谷，他們首先參觀了哈利家族的紀念地，然後去了墓地，那裏埋葬著許多哈利家族和鄧布利多家族的人。這時，他們遇到了壹位老婦人，她是鄧布利多家的老朋友，曾經寫過壹本書《魔法史》。他們認為老婦人可能知道劍的下落，就和她壹起回家了。但誰知道這是壹個陷阱，老婦人假裝成壹條毒蛇，納吉尼。幸運的是，哈利和赫敏在這裏躲過了伏地魔的追擊，但哈利的魔杖斷了，赫敏試圖用自己的魔杖修好它，但也失敗了。
兩人又在那裏躲了兩天，終於在壹只出現在他們住處旁邊的母鹿的指引下，找到了格蘭芬多寶劍的下落。這把劍沈入了森林中冰凍的水池下。哈利脫下外套，潛入水中尋找寶劍，但哈利的魂器總是誤導哈利，差點把他淹死在水裏。幸運的是，羅恩回來了，把哈利從水裏救了出來，帶著壹把劍出了湖。兩人聯手用劍摧毀了哈利的魂器。赫敏看到羅恩回來不僅高興，還找到了下壹個任務:找到謝諾菲留斯·洛夫古德，盧娜的父親向他請教沿途多次出現的格林德沃(巖石森林)標誌的含義。
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三樓
在洛夫古德家裏，哈利、羅恩和赫敏聽到了許多以前巫師的故事。比如三兄弟打敗了死神，每個人都為此得到了壹個聖物。這三個“死亡聖器”，壹個是無敵魔杖，長老魔杖；壹種是能讓人起死回生的寶石，復活石；還有壹件隱身衣。哈利非常興奮，因為他相信他的鬥篷就是那件。然而，沒過多久，他們三人就發現，色諾菲利斯已經告訴了魔法部。他的女兒露娜被魔法部抓住了，所以他認為如果把哈利等人交給魔法部，他的女兒可能會被釋放。對於這三個人來說，從許多巫師手中逃脫是相當驚險的，但哈利仍然非常勇敢。他相信伏地魔可以通過收集三個死亡聖器而被擊敗。
幾個星期以來，這三個人仍然沒有找到任何死亡聖器或魂器。他們偶然發現壹個電臺在談論現在發生的事情，當時哈利無意中吐出了“伏地魔”這個詞。根本沒人敢提伏地魔的名字。說這三個字只會帶來災難。伏地魔的手下立刻找到了哈利、羅恩和赫敏，把他們帶到了馬爾福的家裏。赫敏被貝拉特裏克斯·萊斯特蘭奇殘酷地審問和折磨，問格蘭芬多的劍是怎麽到赫敏手裏的。貝拉特裏克斯認為這是從她那裏偷來的，但這並不是因為她所擁有的實際上是偽造的。哈利和羅恩也被囚禁起來，壹同被囚禁的還有迪安·托馬斯、小妖精拉環、制作魔杖的奧利凡德和盧娜。哈利拿出魔鏡的碎片，向多比求助。多比是來救迪安和奧利凡德的，但是蟲尾巴聽到了聲音回來查看，被哈利和羅恩制服了，但是蟲尾巴從來沒有試圖殺死哈利。羅恩取下蟲尾巴手裏的魔杖，扯下伏地魔為他制作的假手，用這只假手勒死了蟲尾巴。羅恩、哈利和多比沖上樓梯去救赫敏。他們飛快地跑開，沒有遇到匆匆趕來的伏地魔。不幸的是，多比在逃跑的路上被貝拉殺死了。然後幾個人來到了貝殼小屋，比爾和芙蓉的家。
哈利和他的朋友們埋葬了多比，並制定了壹個新計劃。哈利問了奧利凡德關於長老杖的事情，並決定不阻止伏地魔去前任主人鄧布利多的墳墓裏尋找它。哈利轉頭問拉環怎麽才能闖入古靈閣，並答應把精靈們制造的格蘭芬多劍給他作為獎勵。經過詳細策劃，幾個人出發前往古靈閣，看看是否有機會在貝拉的墳墓裏找到伏地魔的另壹個魂器。赫敏裝扮成貝拉，羅恩喬裝打扮。拉環和哈利穿著隱形衣壹起走下墳墓。他們走了很多套，終於找到了伏地魔的另壹個魂器，霍夫帕夫杯。然而，就在他們要取杯的時候，被發現了，拉環抓起劍，匆忙逃走。哈利、羅恩和赫敏也驚險逃脫。但是伏地魔終於知道哈利在找他的魂器。
逃脫後不久，哈利仿佛又回到了幻境中，看到眼睛就能聽到伏地魔的話。伏地魔說了所有魂器的確切位置，伏地魔知道哈利在找他的魂器。伏地魔無意中提到他的最後壹個魂器還在霍格沃茨學校，哈利懷疑它附著在學校創始人拉文克勞留下的遺物上。哈利認為，如果他想在霍格沃茨拿到魂器，就應該馬上行動，因為如果伏地魔發現其他魂器不見了，他肯定會加強戒備。
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四樓
哈利、赫敏和羅恩在霍格莫德的街上遇到了食死徒，阿不福思的機智救了他們。阿不福思在他妹妹阿麗亞娜的畫像後面打開了壹條通往霍格沃茨的隧道。
當哈利來到霍格沃茨時，他警告管理員伏地魔正在秘密行動，低年級學生為了安全被疏散，而高年級學生則鼓勵留下來戰鬥。鳳凰社的成員也聚集起來幫忙。弗雷德疏遠的哥哥珀西與家人團聚。
哈利、赫敏和羅恩來到有求必應屋尋找拉文克勞的王冠。馬爾夫和他的兩個弟弟高爾和克拉布也在那裏尋找。克拉布用了錯誤的咒語燒掉了學生們保存了幾個世紀的所有亂七八糟的東西，王冠也被燒掉了。哈利和他的朋友們帶著在那裏找到的掃帚飛走了，他們離開時從火中救出了德拉科·馬爾福和高爾，但他們沒能及時找到克拉布，在大火中被燒死。羅恩和赫敏跑到密室，拿走了那條怪蛇的尖牙。只有尖牙可以摧毀赫奇帕奇杯子裏制造的魂器。
壹堵墻爆炸時，弗雷德被燒死了，海格也被十字頭套纏住了。哈利再次進入幻境後，他、羅恩和赫敏推斷出伏地魔住在哪裏，於是他們來到尖叫棚屋。他們看到伏地魔命令毒蛇納吉尼除掉斯內普，伏地魔認為這樣可以把長老杖的魔力轉移到他身上。在被毒蛇咬傷的彌留之際，斯內普把自己所有的記憶都給了哈利·波特。哈利在冥想盆裏回憶起斯內普的記憶。原來斯內普壹直站在鄧布利多壹邊，他壹直愛著哈利的母親莉莉·埃文斯。鄧布利多在情況危急時命令斯內普自殺，而用魂器放在戒指上的咒語已經導致鄧布利多的生命只持續了壹年。哈利還發現他其實是伏地魔的魂器。只要哈利活著，伏地魔就不可能被除掉。哈利有壹段時間覺得生活毫無意義。哈利呼叫納威幫助羅恩和赫敏殺死毒蛇納吉尼。這時，伏地魔建議雙方停火壹小時，以便雙方照顧死傷者。如果壹個小時後哈利沒有自動出現，伏地魔就會繼續殺人。哈利穿著隱形衣，去死亡森林面對伏地魔。在路上，他看到了萊姆斯·魯邦和唐克斯的屍體。在那裏被打死的還有科林·克裏維，他是壹名留下來參加戰鬥的學生，當時才上六年級。他走到死亡森林的邊緣，突然想起金色飛賊銘文中的“結局”，於是哈利把金色飛賊放進嘴裏，心想:“我要死了。”哈利發現藏在金色飛賊裏的是靈魂石，三件死亡聖物之壹。於是哈利喚回了父母小天狼星布萊克和魯邦的靈魂，他們漂浮在哈利的兩側，幫助和保護他。
見到伏地魔後，哈利發現海格被劫持為人質。哈利壹出生就被阿瓦達·凱達弗拉咒語擊倒了。哈利醒來時，仿佛他在國王十字車站，見到了已經去世的鄧布利多。我說不清哈利是真的死了，還是鄧布利多不小心在夢裏拜訪了哈利。哈利發現這個咒語打敗了伏地魔靈魂中與他自己有關的那部分。在他的夢裏火車站的角落裏有壹個垂死的生命，也許就是那個小小的靈魂。他還發現鄧布利多曾費盡心機尋找三件聖物，但原因並不那麽高尚。最後鄧布利多兄弟和格林德沃進行了決鬥，其中阿麗亞娜因誤傷身亡。現在，只有哈利有資格擁有三個死亡聖器。哈利也知道，他的魔杖之所以會打敗伏地魔，是因為哈利的魔杖被先驗咒語施了魔法。下次遇到伏地魔，我也會有同樣的反應，不管他有沒有拿著自己的魔杖。鄧布利多問哈利是“壹起走”還是活著除掉伏地魔，他選擇了後者。
在森林裏，伏地魔命令海格把看起來已經死了的哈利帶回霍格沃茨學校，打擊了士氣。然而，納威勇敢地站了出來，拒絕加入伏地魔的食死徒。作為懲罰，伏地魔對納威施了咒語，並在他頭上戴了壹頂壹定會著火的帽子。就在這時，霍格莫德村的男女老少沖上前去，和霍格沃茨最後的守護者們壹起對抗伏地魔。哈利趁亂給了自己壹件隱身衣，納威也及時解除了咒語，拔出了格蘭芬多的劍，砍掉了娜吉妮的頭，伏地魔藏在蛇裏的最後壹個魂器就這樣被摧毀了。與此同時，廚房的門突然打開了，壹群小怪物也在克利切的帶領下加入了戰鬥。然後安東寧·多洛霍夫被菲利烏斯·弗利維殺死，貝拉被莫莉殺死。哈利的出生是為了保護莫莉免受伏地魔的報復。
哈利在大廳裏面對伏地魔。從表面上看，哈利似乎壹點優勢也沒有。畢竟，伏地魔有長老之杖。但是哈利猜測，長老杖的原主人不是斯內普，而是馬爾福。是馬爾福在決鬥中解除了鄧布利多的武裝並擊倒了他，而斯內普只是按照鄧布利多的意願殺死了他。但是，解除馬爾福原力的是哈利，所以長老杖的實權應該在哈利那裏。所以當伏地魔用長老之杖對哈利施放死亡咒的時候，哈利只是用了他慣用的除臂咒，讓死亡咒反彈回伏地魔身上。伏地魔就這樣結束了。
哈利和羅恩、赫敏壹起待在鄧布利多的辦公室裏，墻上掛著的校長們的畫像都熱情地稱贊著哈利。哈利用長老杖的魔法修復了他的魔杖，但是長老杖沒有為自己保留而是回到了鄧布利多的墓地。