二是根據國務院辦公廳、中央機構編制委員會辦公室等有關文件精神，中華人民共和國和中國海事局(交通運輸部海事局)為交通運輸部直屬行政事業單位，實行垂直管理體制，履行水上交通安全監督管理、船舶及相關水上設施檢驗登記、防止船舶汙染和航行安全等行政執法職責。主要職責如下:
(壹)制定並組織實施國家水上交通安全監督管理、船舶及相關水上設施檢驗登記、防治船舶汙染和海上保安的方針、政策、法規、技術規範和標準。
(二)統壹管理水上交通安全和防治船舶汙染。監督管理船舶所有人的安全生產條件和水路運輸企業的安全管理制度；調查處理水上交通事故、船舶汙染事故和水上交通違法行為；指導船舶汙染損害賠償。
(三)負責船舶和海上設施檢驗行業的管理，以及船舶的適航和技術管理；管理船舶和海上設施的法定檢驗和認證；審批船舶檢驗機構和驗船師的資格，負責監督管理外國船舶檢驗機構在中國設立代表機構；負責中國船舶的登記、發證、檢驗和出入境簽證；負責對進出我國國境和在我國港口、水域的外國船舶的監督管理；負責船舶保安和反海盜管理；負責載運危險貨物和其他貨物船舶的安全監管。
(四)負責海員、引航員和磁羅經校準器的培訓、考試和發證管理。審查、監督和管理海員、駕駛員和磁羅經校準器培訓機構的資質和質量體系；負責海員證件的管理。
(五)管理通航秩序和通航環境。負責劃定禁飛區、航道(路)、交通管制區、錨地、安全作業區等水域；負責禁航區、航道(路)、交通管制區、錨地和安全作業區的監督管理，維護水上交通秩序；核實船舶靠泊的安全條件；批準海岸線的使用和與航行安全有關的水上水下施工作業；管理沈船和沈船物體的打撈以及航行障礙的清除；管理和發布國家航行警告(通告)，處理國際航行警告系統中國國家協調員的工作；批準外國船舶臨時進入中國封閉水域；辦理口岸對外開放的相關審批和中國便利化委員會的日常工作。
(六)負責海上保安。管理沿海導航設備、無線電導航和水上安全通信；管理海域港口航道測繪，組織編寫出版相關航海圖書資料；歸口管理交通行業的測繪工作；承擔水上搜救的組織、協調、指導等相關工作。
(七)組織實施國際海事條約；履行“船旗國”、“港口國”、“沿海國”的監督管理義務，依法維護國家主權；負責與海事業務相關的國際組織事務和國際合作與交流事宜。
(八)組織編制全國海事系統中長期發展規劃和相關計劃；管理下屬單位的基建、財務、教育、科技、人事、勞動工資和精神文明建設；負責管理港口費、噸稅、船舶油汙損害賠償基金等相關工作；受部委托，承擔港口建設費征收的管理和指導工作；負責全國海事系統統計和行風建設。
(9)承辦交通運輸部交辦的其他工作。