辦公室:負責全館財務、機構、人事、科研、文獻、檔案、辦公設備、行政等管理和業務統計，協助館領導組織宣傳活動，指導各部門、各區的行政管理工作。
公共服務部:負責圖書館整體形象的宣傳推廣，包括文化環境的建設，各類宣傳資料的制作，東吳圖書館及信息通訊的編寫與出版，公共場所的管理與布置；負責圖書館的壹些接待和外聯工作；提供復印、打印、電腦刻字等服務。
文獻建設部:負責本館紙質圖書、報紙、電子出版物的征購工作，對進館紙質文獻的驗收、分類、編目、加工、收集，館藏信息的宣傳上報，聯合目錄的編制；合理使用資金，定期向館長提交資金使用的統計分析材料；負責文獻資源的回溯性收集和書目數據的整理；做好文獻的收集、交換和捐贈工作以及* * *與系資料室的共建共享工作。
信息咨詢部:負責信息研究和咨詢服務，包括數據庫的試用研究和利用分析、信息查詢服務、文獻傳遞服務、科技查新服務、網上資源的開發利用和資源整合、圖書館主頁的更新和維護、數據庫的數據維護和更新、解答各種讀者咨詢、電子資源的宣傳和培訓、計算機檢索課的教學、蘇南地區文獻中心的工作。
科技查新站:負責科技查新、檢索、引用等有償服務。
系統技術部:負責圖書館計算機綜合管理系統的日常維護，鏡像站、主頁、郵件、視頻等服務器系統的調試和運行，圖書館網絡的建設和管理，保證全館網絡暢通，做好全館現代化設備的管理和技術支持工作；負責圖書館各校區電子閱覽室的網絡、設施及相關軟件的技術支持，參與校園信息化、圖書館數字化等相關技術服務。
數字化建設部:負責自建特色資源的數字化建設，做好蘇州大學學位論文、蘇大講壇、歷代名人圖像數據庫、吳文化數據庫、JALIS特色資源整合、非書資源和學者機構數據庫等特色數據庫建設，以及數字化項目相關的軟件開發。制定數字資源建設規範，承擔數字項目的組織、項目調研、項目申報、平臺設計開發、數據采集、加工、發布、結論、後期服務、項目改進等工作。
古籍特藏部:負責網上古籍、民國文獻和印刷出版的大型古籍叢書的管理、編目、閱覽、咨詢和修復，開展古籍文獻數字化、整理、研究和出版等相關工作；做好全國古籍重點保護單位的相關工作。
讀者服務部:負責圖書館的圖書文獻借閱工作，包括借閱和歸還、書庫管理、新書驗收、讀者證管理、閱覽室開放和管理、讀者咨詢和閱讀指導、OPAC、RFID使用指導和文獻資源利用分析。每周開放時間不少於90小時。