期刊收藏空間包括現刊閱覽室、過刊閱覽室、報紙閱覽室和精讀圖書館四個部分。期刊和報紙只能閱讀或復印，不能外借。
鑒於電子資源的利用，新圖書館設立了電子閱覽室、多功能閱讀區和無線網絡覆蓋區。電子閱覽室提供學校圖書館購買的電子資源，也可以訪問其他網絡資源；多功能閱讀區提供無線或有線網絡環境，讀者可以自帶筆記本使用互聯網資源。無線網絡覆蓋區域僅提供無線互聯網接入。
哈爾濱工程大學圖書館為滿足不同讀者的需求，設置了壹系列閱讀區和討論區，包括:預約閱讀區、多功能閱讀區、休閑閱讀區、普通閱讀區、討論閱讀區、休閑討論區和教師培訓室。
(1)預約閱讀區要求讀者提前預約，每個座位配有帶相對預約期的儲物櫃，免費使用。具體管理辦法還在制定中。
(2)多功能閱讀區可為讀者提供自學環境，也可為自帶筆記本電腦的讀者提供有線或無線網絡環境。
(3)四樓陽光大廳及周邊為休閑閱讀區，提供相對休閑的閱讀桌椅，可無線上網。
(4)壹般閱讀區是開放式閱讀區，不需要預約。為了保證安靜的學習環境，壹般閱讀區不提供上網。
(5)休閑研討區、研討閱讀區為讀者提供了研究、學習、交流的空間，同時休閑研討區也為讀者提供了良好的茶歇環境；為了保證文獻資源的保存環境和讀者的閱讀環境，按照慣例，除休閑研討區和文化酒吧外，禁止將食品帶入其他功能區。
(6)教師實訓室為哈爾濱工程大學的教師提供了良好的學習和研究環境。
在學術交流方面，新館設置了可容納300人的報告廳，用於舉辦講座和學術交流；還有兩個多媒體教室，用於信息檢索教學和培訓講座。
其他輔助服務包括書店、讀者服務部、復印室和文化酒吧。其中，讀者服務部和復印室在學校相關部門的管理、指導和參與下進行招投標和後期管理；書店由哈爾濱工程大學出版社經營；圖書館計劃將文化吧打造成為學生自主創業的平臺。目前圖書館正在和團委協商此事。以上服務可以為學生提供勤工儉學工作。同時，圖書館將在新館成立讀者協會，邀請讀者參與上述服務的監督和管理。
在讀者服務方面，還設有包裹寄存櫃、書目檢索區和愛心書店。對於儲物櫃的管理，圖書館提倡讀者免費使用；書目檢索區用於讀者檢索館藏書目；愛心書店接受各種渠道捐贈的圖書，對讀者開放。