截止2014年底，學校獲批省級以上科研項目130項，發表論文789篇，其中SCI論文13篇。獲得844項國家實用新型專利。合肥市知識產權局給予專利補貼共計30.4萬元。學術期刊《安徽醫學院學報》是安徽醫學院主辦的綜合性學術期刊，是國家級優秀期刊。該刊主要發表高等職業教育教學改革及其他社會科學和自然科學研究的學術論文。館藏資源
截止2014年底，安徽醫學院圖書館共館藏紙質圖書53.8萬冊，電子圖書10300GB，中外文紙質期刊505種，電子期刊8756種。電子閱覽室1個；閱覽室有492個座位。學校圖書館可以訪問的電子資源有:中國知網、萬方、學者、EBM、Springer Link等18中外文數據庫，高校資源共享平臺。學校圖書館的館藏資源全部向社會開放。