1，兩者含義不同:全額撥款事業單位也叫全額撥款事業單位，即全額預算事業單位，是壹種所需業務經費全部由國家預算撥款的管理形式。
差額撥款的事業單位，按差額比例，由財政承擔，由財政列入預算；單位承擔的部分由單位稅前支付，比如醫院。
2.兩者在穩定性上是不同的:對於全口徑機構來說，是相對穩定的，是基於與國家的調控，所以有壹定的穩定性；但是差異機構變動的可能性很大，存在很大的不確定性，所以也影響工作的穩定性。
3.兩者的範圍不同:差別事業單位包括醫院等具有收入和政府社會職能的單位；自收自支的管理機構主要是壹些原國企的行業主管部門；
全額撥款的事業單位主要有圖書館、文化館、各級公立學校、黨校、檔案室、文化館、農業局下屬的護林管理機構、動物疫病控制中心、城建局下屬的城市維護管理，如園林處等。
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