收藏部(資料室):負責藏品的收集、保存和研究。訂購、保管和借閱圖書資料；學術數據信息收集；圖片存儲和提供等。
社會教育部:負責展覽講解、青少年社會教育基地輔導、巡回展覽組織等社會宣傳教育工作。
自然部:負責動物、植物、礦石和化石標本的采集、收集、保存和研究。
園林部門:負責綠化養護、環境衛生等工作。
安保部:負責整個園區的安保工作。
歷史文化研究保護中心:負責不可移動文物的保護管理；做好南通市地下文物調查勘探和考古發掘工作；地面文物的調查、保護和維修及“四有”工作。
文物征集辦公室:負責為博物館征集社會各界的文物。
學術研究委員會:負責制定全館學術發展規劃，學術研究課題的設置和評審，重要展覽提綱的審核，人員業務成果的研究。
工業發展辦公室:制定工業發展規劃，組織文化和文化產業工作。工會:按照《中華人民共和國工會法》的規定，承擔相關工作。