通過高新技術與常規育種技術相結合，選育出性狀優良、抗逆性強的育種新品種；水產養殖新技術和新材料的研究；瀕危水生物種精子和魚胚胎冷凍保存技術的研究，極大地提高了我國水產養殖的育種水平。
(1)重要水產動物種質資源研究；水產動物種質資源的檢測、評價和種質保存技術研究；評估生物多樣性，研究經濟性狀的遺傳基礎，研究遺傳物質的功能；研究在種群、個體、細胞和分子水平上保存水生動物種質資源的技術途徑，完善自然水體和人工低溫種質資源數據庫和種質資源數據庫，為水生動物資源的保存、保護和利用提供科學依據。
(2)水生生物技術開展水生生物技術的基礎和應用研究；開展水生生物基因工程育種研究，篩選、分離和克隆與水產動物生長發育、繁殖和抗病相關的功能基因，利用轉基因技術獲得高產、優質、抗逆的轉基因水產動物；開展水生生物細胞學和細胞工程育種研究，開展魚類細胞培養、細胞融合與核移植、雌雄核發育與性別控制、克隆技術、魚類遠緣雜交等研究。