甘孜縣是古代李白漠土部落居住的地方。隋隸屬於這個國家。唐、宋同屬吐蕃。元屬多幹寺宣威師元帥府管轄。明朝崇禎十二年(1639)，莫西衛拉特蒙古和碩特部首領固始可汗占領康北，在孔撒、馬樹爾、百裏、東克的官司中封了七個蒙古王公。乾隆五十七年(1792)，孔薩綏靖部升為傅玄部。同治元年(1862)，馬正值汛期。宣彤三年(1911)成立甘孜委員會。
民國二年(1913)，設甘孜縣。1935年，紅軍長征經過甘孜，成立了各縣、百裏、絨巴岔、孔薩區的波巴政府和貢嘎、林沖、哲羅鄉的波巴政府。民國二十八年(1939)，屬西康省第四行政監察區，為專員統治之地。1950，隸屬西康藏族自治區。1955，隸屬四川省甘孜藏族自治州。1990縣內五區、1鎮、21鄉。
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