1978年3月，第五屆全國人民代表大會第壹次會議修改通過的《中華人民共和國憲法》規定設立人民檢察院。6月，11，四川省人民檢察院萬縣分院改建。
1993年4月，國務院決定撤銷萬縣地區、萬縣市、萬縣縣，地級以上市設立萬縣市和龍寶區、天成區、吳橋區。四川省人民檢察院萬縣分院更名為萬縣市人民檢察院。轄龍寶、天成、吳橋3個區和梁平、開縣、城口、忠縣、雲陽、奉節、巫山、巫溪8個縣檢察院。
1997年6月，重慶市人民檢察院成立。1998年8月，萬縣人民檢察院更名為重慶市人民檢察院第二分院。同年6月，最高人民檢察院批準撤銷龍寶、吳橋、天成三個區檢察院，成立萬州區人民檢察院。二分院管轄萬州區和八個縣檢察院。