明朝永樂以後，中國閉關鎖國。為了提高工資，鄭成功在廈門設立了五商十行，積極開展以廈門港為中心的海外和沿海貿易。康熙二十三年(1684)，福建海關在廈門設立。到了近代，廈門成了帝國主義列強覬覦的地方。在鴉片戰爭後簽訂的《南京條約》中，廈門和廣州、上海、寧波、福州壹起被迫成為中國最早的城市之壹和對外貿易的港口。改革開放後，廈門成為經濟特區和副省級城市。
與中原歷史文化名城相比，廈門的歷史較短，建城600多年。至於廈門的人類文明史，就更長了。20世紀30年代，人類學家和考古學家在島的西南部收集了許多石矛和石斧。20世紀50年代，文物普查發現新石器時代文物12件。最近在翔安的考古調查收集了新石器時代的石斧。