黃果樹瀑布發育在壹套“中三疊統中厚層夾少量薄層白雲質灰巖”中，位於翁寨小背斜東翼。黃果樹瀑布形成期的白水河是壹條地上河流，發育於6.5438億+50萬年前，由第四紀中晚更新世的“寬谷期”演化為“峽谷期”。後來由於喜馬拉雅運動期間地殼的間歇性隆升，河流侵蝕基準面下降，導致河流侵蝕和溶蝕作用加強。
有壹個“裂點”(由於地殼隆升、侵蝕基準面下降和構造、巖性的影響而形成的河床大轉折)，這個裂點的裂縫、溶洞、暗河非常發育。起初，白水河形成了喀斯特侵蝕裂點瀑布。後來隨著地殼因河流侵蝕、溶解和側向侵蝕而間歇性隆起，水動力逐漸增強，瀑布頂部逐漸坍塌，最終出現黃果樹瀑布，至今已有5萬年歷史。