根據規劃，深圳地鐵二期工程全長155公裏，主要包括1線西延線、2號線(現稱“蛇口線”)、3號線(現稱“龍崗線”)、4號線北段和5號線(現稱“環中線”)。目前全部在建，計劃2065年開工，433。2004年5月，深圳市地鐵3號線投資有限公司在龍崗成立，投資6543.8+00億元建設羅湖至龍崗的地鐵3號線。2004年3月，香港港鐵公司在深圳成立港鐵軌道交通(深圳)有限公司，負責地鐵4號線的建設、運營和管理。深圳地鐵公司承建地鐵1號線西延段、2號線、5號線。
5438+2006年6月國家發改委批復深圳地鐵1線(1線西段)擴建工程，全長23.42公裏，設15座車站，總投資11069萬元。2007年6月，國家發改委批復深圳地鐵2號線壹期工程，全長15.13公裏，設車站11座，總投資64.85億元。2007年6月5438日至2月，深圳地鐵5號線以BT方式正式開工建設，總投資192.58億元，是目前國內最大的地鐵BT項目。2008年9月，該項目獲得國家發改委正式批準。
在移交給政府之前，4號線由香港地鐵有限公司建造和運營了35年。