1947年初為三級聯管站，1955年5月由三級聯管站升級為二級站。隨著車站貨運的蓬勃發展，1996於2005年2月升級為壹級站，並於2005年4月與原傅僉鐵路公司合並組建雙鴨山車輛段，隸屬雙鴨山車輛段。
2006年3月，雙鴨山車務段與佳木斯車務段、湯原車務段合並，組建佳木斯車務段，隸屬哈爾濱鐵路局，雙鴨山站成為佳木斯車務段管轄的三個壹級站之壹。
車站開始運營時只設置了客運車間，1948年5月增加了現役車間，1950年初增加了車站車間，形成了持續半個多世紀的三車間格局。為了更好地滿足市場需求，鐵路於2013年6月實施貨運組織改革，雙鴨山站與裝卸作業、物流公司合並，增加裝卸。