唐武德三年(公元620年)，以涪城縣所居五旁河命名，改涪城縣為五河縣。
貞觀元年(627年)，李世民將州縣合並為省，五河縣並入盂縣(今盂縣)，隸屬河東道太原府太原縣。《蔚縣誌》說:故城五河位於蔚縣城西50公裏的荊靈村，又名府城。當時是現在山西省陽曲縣靈井店鄉。
1945年2月，東陽渠縣抗日民主縣辦事處改為東陽渠縣抗日民主政府，設在晉察冀邊區第二派出機構盂縣靈井店鄉靈井店村。同年8月，中華民國山西省政府返回太原，中華民國陽曲縣政府仍駐黃花亭。9月，撤銷漁陽(曲)縣建制。楊洋(曲)縣所轄地區為東陽曲縣所轄，縣政府先後進駐靈井店等村，隸屬冀晉區第二派出機構。
1952年末，該鄉靈井店村、南社村、河村、南莊村、董、西郭丘、大、小房山、董、西漢湖、董、黃龍等26個村劃歸陽曲縣管轄，隸屬新縣行政公署，1958年與陽曲縣劃歸太原市。從那時起，該鄉的所有權壹直沒有改變。
靈井店人民公社成立於1959，1984改為靈井店鄉。