臥佛寺具有皇家寺廟的特征:寺廟的主持人由皇帝任命，寺廟的整修產生內部庫銀(庫銀)。在元英宗(1321)，寺內建有壹尊重約50萬噸的青銅臥佛。此後於雍正十三年大修。在400多年的歷史長河中，臥佛寺因為兩尊臥佛的存在，成為宗教史和建築史上的壹大奇跡。
至雍正、乾隆兩朝，該寺西路辟為宮殿。當時寺主“清雅”是大和尚，雍正帝曾賜他“紫衣”。乾隆繼位後，把清雅從南方天通寺請回來，命他主持臥佛寺，直到去世。雍正帝給臥佛寺正名“十方普覺寺”。在三佛寺前，東西兩側的帝王碑記錄著該寺的盛況。