清鹹豐三年三月二十九日，太平天國定都南京，改稱天京，但並沒有將南京紫禁城作為宮殿的基座，而是在兩江總督署舊址的基礎上新建了壹座宮殿，拆除了大量的石頭和磚塊。到太平天國滅亡的時候，南京故宮的宮殿和城墻已經基本消失。
19年7月，清同治三年，天京失陷，隨後湘軍攻下天京後，太平軍放火燒城，湘軍搶掠後也四處放火，南京故宮再次被毀。
明代紫禁城的建築特色:
南京故宮的建造是基於中國古都創造的壹種傳統的“風水學說”。在“中國即世界，世界即中國”的傳統政治觀念影響下，中國古代天文學家根據對天文星座的長期觀察，將北極周圍和中國附近的星星劃分為三壁二十八夜。
所謂“三面墻”，是指環繞北極、靠近頭頂天空的星星，分為魏紫、太尉、石天三個區域。因為每個地區都有東西方的星星，被城墻包圍，所以被稱為“三墻”。