無公害農產品認證證書的有效期為3年，這是因無公害農產品認證需要對農產品的生產、加工、貯存、運輸等各個環節進行全方位的檢測和監管，確保產品的質量安全。3年的有效期也能夠保證農產品的生產環境和生產過程的持續穩定性，能夠保證產品的質量穩定性和可靠性。