特許經營是連鎖經營的壹種。連鎖經營是指經營同類商品或服務的營業點，在統壹的整體規劃和布局下集中管理分工合作，通過擴大規模獲得更高的效益。連鎖經營包括直營連鎖、特許經營和自由連鎖。 《商業特許經營管理辦法》在第二條規定：本辦法所稱商業特許經營（以下簡稱特許經營），是指通過簽訂合同，特許人將有權授予他人使用的商標、商號、經營模式等經營資源，授予被特許人使用；被特許人按照合同約定在統壹經營體系下從事經營活動，並向特許人支付特許經營費。根據這壹條的規定，特許經營作為特殊經營模式的特征是特許人通過合同轉讓使用自己的商標、商號、經營模式等在內的特許經營權，取得特許經營權的被特許人按照合同在統壹經營體系下從事經營活動，並向特許人支付特許經營費。雙方的合作基礎分別是特許人的知識產權和經營模式，以及被特許人的投入資本。特許人壹般會通過合同掌握特許加盟店的最終管理權，而被特許人對自己的投資擁有所有權。雙方通過合作各自取得收益。
1、 產權構成不同。直營連鎖是指同壹資本所有，由總部集中管理，***同開展經營活動的高度組織化的零售企業。同壹資本所有區別直營連鎖店與其他經營形式的關鍵，也是特許經營與連鎖經營本質上的差別。
2、 管理模式不同。特許經營的核心是特許權的轉讓，特許者（總部）是轉讓方，被特許者（加盟店）是接受方，特許體系是通過特許者與被特許者簽訂特許合同形式的，各個加盟店的人事和財務關系是獨立的，特許者無權進行幹涉。被特許者需要對特許者授予的特許權和提供的服務以某種形式支付報酬。而在直營連鎖經營中，總部對各分店擁有所有權，對分店經營中的各項具體事務均有決定權，分店經理作為總部的壹名雇員，完全按總部意誌行事。
3、 涉及的經營領域不同。直營連鎖經營的範圍壹般僅限於商業和服務業，而特許經營的範圍則寬廣得多，在制造業也被廣泛應用。
4、 法律關系不同。在特許經營中，特許者和被特許者之間的關系是合同雙方當事人的關系，雙方的權利和義務在合同條款中有明確的規定。而直營連鎖不涉及這種合同（分店經理與總部的雇擁合同則另當別論），總部和分店之間的關系由公司內部的管理制度進行調整。
5、 發展方式不同。特許經營通過招募獨立的企業和個人擴張體系，特許者不僅需要吸引潛在的被特許者，還需選擇被特許者，並為被特許者提供培訓和服務；通過直營連鎖擴大規模則要籌集足夠的資金，配備大批的管理人員。相比之下，特許經營利用他人資產擴大市場占有率，所需資金較少，而直營連鎖的發展更易受到資金和人員的限制。