从左往右打还是从右往左打都是允许的，这个主要看个人偏好，没有特别的要求。
还可以从左右两边分别向中间打线，这都是可以的。
假设有一个42U高度的机柜需要全部安装AMP24口配线架，加上理线系统的话，一般最多可以安装21个AMP配线架，21个配线架*24口＝504根线，如果这500多根线都从面柜走，显然有些难度，所以遇到这种需要在一个机柜里安装多个配线架的情况，一半从左往右走打，一半从右往左打是比较靠谱儿的。重要的是做好标识就行。
关于你说的颜色顺序，AMP配线架后面都有标色卡，你只需要根据色标卡上T568B或T568A的接法，把色标对应的每个打线柱上接好相应颜色的线就可以了。