科学这东西很特别，它所依附的理论基本上是原子论。换言之不论生物、物理、化学，这清晰的学问都立基于原子和原子之间碰撞的理论。原子论基本上是一种唯物所以科学本身，我敢说在很多学科学的同学进实验室时，如果你不是一个唯物论者，你根本不能当科学家；但是你离开实验当你可以相信你的基督教时，这个没有问题。 所以科学跟宗教之间，有这么一点内在的关系紧张，这就是因为去科学整体基础的立场都是唯物的立场，而这个立场是不容我们忽视的改变的，这是一个事实。所以物理学也讲助剂，化学也讲助剂，生物学讲的是分子（分子），整个观念就是说：所有的现象都是助剂，不需要假设一个上帝来干预这些所以事情。所以相信科学的人就相信上帝与人之间，有一个紧张关系。原来教会是带动科学进步的，后来科学发展的结果就反过来认为不需要有上帝这个假设。最后有句话是： 「楚门，我是你的创造者（杜鲁门
我是你的创造者）。」接下来大家都在笑，因为在科学的世界中还讲什么创造者，就是这个意思。科学但如果科学应用超越经验范围时，那么在自然语言下理解的唯物原子论也成为质疑的对象，从而也导致宗教与科学之间的界线逐渐模糊
参考： etaoist/taoist/index/2011-08-22-02-11-46/om/1998-qaa-
科学家、不信教者和商店在十六个学者，大学仍然保留着国际性特征，科学家在学术交流中也都有所保留，但到了十六世纪末时，学者间盛行的挑战之风带来了真正的交流，近年来大学便失去了尽管拉丁语仍然是国际科学界的正式语言，越来越多的语言联系是利用本国进行的，埃克斯地区的议会议员佩雷斯克(Peiresc) ，西元1637年）就充当过学术界的“信箱”。不过，不管是西元1660年还是西元1770年都不是科学发展历史有转折意义的年份，因为在这个时期科学史的发展已经成了一个连续的创造过程，它的每一个小阶段都是在不同领域内取得聚合而成的，当时的科学知识是一体的、包罗万象的。哲学可以书写同时包含精确的科学(指数学、孟德斯鸠（Montesquieu）常将其主要原则及观点的获得，其***伯朗士（Melebranche，西元1637～1715年）；而乔治？布丰（Gee Buffon，西元1707～1788年）则将其成果莱布尼兹（Leibnitz）。***同一个的水晶把各国知识联合起来，并产生了许多学者，这样就形成了人们所说的一些激烈的大辩论使这个科学界更加充满了活力，其中巅峰的辩论是由笛卡儿（René Descartes）和牛顿（Isaac Newton，西元1642～1727年）引发的相互的大辩论。然而当时大多数人都认为，科学与形而上学是紧密相关的。虽然科学精神的觉醒所带来的理性主义发展并没有动摇大多数学者的信念，但他却为那些被称为不信教者提供了理论依据。
类似《自然之谜》（Secrets de la nature，西元1616年）一书的作者瓦尼尼（Vanini，他最后在土鲁斯被土耳其焚刑），与斯宾诺沙（Baruch Spinoza，西元1632年） ～1677年）独特的神学思想－「宇宙及神论」（Panthei***）当时被人们认为是无神论，而进行多方的指责。不信教者们在某种程度上，引起教会对科学的不安然而罗马教会并没有抛弃科学所提供的那些实用方面，正因为如此西元1582年教皇格里高里十三世（Gregoire XIII）就请人们编了一部取名为《格里高里历法》 》的特殊历法，以适应太阳运动的准确性。这个历法很快就被天主教国家所采用，更在西元1700年被信仰新教的德国，以及在西元1752年被英格兰接受。虽然如此，教会还是对可能伤害上帝的宗教思想引起了激烈的批判，所以当伽利略强调哥白尼学说时，发现哥白尼学说与圣约的中心思想观念发生冲突后，便让哥白尼学说体系在西元1616年发起教廷圣职的严厉批判，并劝伽利略这个学说。虽然伽利略表面上屈服于教廷，但不久后又公开地坚持“地球并非是宇宙的中心，且并非放弃静止”的观点，让教廷圣职在西元1633年强迫他签下公开放弃的一纸声明。伽利略一案让我们看到，阻止科学家前进的障碍仍然是旧约全书一类的文字。虽然如此，但当时有文化、有知识的公众仍然是业余爱好者，由于他们对科学的关注，使他们在宗教的沉思、良心的审查、自我控制能力的训练、人类情感的分析和风格的研究上花费的时间减少了，而花更多的时间在于对自然的观察和哲学思考，科学因此知识并因此没有受到严重的阻挠。
参考：刘增泉，<第三章、西洋近代史>，《西洋》文化史》，(台北：五南图书，2007)，页265-266。