瓊脂糖凝膠結構均勻，含水量大（約占98%-99%），近似自由電泳，樣品擴散較自由電流對樣品吸附極微，因此電泳圖譜清晰，分辨率高，重復性好。此外，瓊脂糖是制備用於瓊脂糖凝膠電泳分離DNA的凝膠的有用成分。在凝膠電泳過程中，瓊脂糖形成中性凝膠基質，在高溫下很容易液化，但在冷卻時很容易恢復凝膠形式。