蛋白質工程的原理和應用如下：
壹、蛋白質工程的基本原理
（1）中心法則（遺傳信息的流動方向）
DNA（基因）轉錄mRNA翻譯肽鏈折疊盤曲具有壹定空間結構的蛋白質 表達生物特有的功能或性狀
（2）蛋白質工程的原理是中心法則的逆推
a.基本思路是：
從預期蛋白質分子的功能出發 設計預期的蛋白質結構 推測應有的氨基酸序列
找到並改變相應的脫氧核苷酸序列（基因）或合成新的基因 獲得所需要的蛋白質
b.方法：改造或合成基因
c.蛋白質工程的概念P93：是指以蛋白質分子的結構規律及生物功能的關系作為基礎，通過改造或合成基因，來改造現有蛋白質或制造出壹種新的蛋白質以滿足人類生產和生活的需求。
二、蛋白質工程的應用
（1）醫藥工業方面
a.通過對胰島素基因的改造，改變形成多聚體的氨基酸組成，實現了對相應氨基酸序列的改造，研發出速效胰島素類似物。
b.幹擾素（半胱氨酸）?改造?幹擾素（絲氨酸）體外-70℃可保存半年
c.人—鼠嵌合抗體：將小鼠抗體上結合抗原的區域“嫁接”到人的抗體上降低免疫反應強度。
（2）其他工業方面
改進酶的性能或開發新的工業用酶。
例：用蛋白質工程獲得枯草桿菌蛋白酶的突變體，提高該酶的使用價值。
（3）在農業方面
a.改造某些參與調控光合作用的酶，以提高光合作用的效率。
b.設計優良的微生物農藥，通過改造微生物蛋白質的結構，增強微生物防治病蟲害的效果。