1．申請.
申請者向中心提出正式申請，填寫申請表，簽訂有機產品認證合同，填寫有機產品認證基本情況匯總表，領取認證書面資料清單，申請者承諾書等文件，申請者按《有機產品》GB/T19630.1-4-2005要求建立：有機質量管理體系，過程控制體系、追蹤體系。
2．考察基地和現場檢查.
中心根據申請者提供的項目情況，確定檢查時間，壹般2次檢查：初評1次、現場檢查1次。
3．簽訂有機產品認證合同
a.申請者與認證中心簽訂認證合同，壹式二份；
b.向申請者提供有機認證所需材料的清單；
c申請者交納認證所需費用；
d.指定內部檢查員；
e.所有材料均使用書面文件、電子文檔各壹份，寄或E-mail給中心。
4．申請評審
a.中心技術推廣部組織專家對申請者提交材料進行評審；對申請者進行綜合審查；
b.做出受理或不受理意見。
5．文件審核
申請者提交審核所需的文審材料(資料清單中所列的除原始記錄以外的其他材料)後，中心審核部指派檢查組長，並向申請者下達有機產品認證檢查任務通知書，檢查組長做出文審結論。
6．實地檢查評估
a.認證中心確認申請者認證所需費用；
b.派出有機產品檢查組實地檢查；
c.檢查組取得申請者文件材料，依據《有機產品》GB/T19630.1-4-2005，對申請者的質量管理體系、生產過程控制體系、追蹤體系以及產地環境、生產、倉儲、運輸、貿易等進行評估，必要時需對、產品取樣檢測。
7．編寫檢查報告
a.檢查組完成檢查後，按認證中心要求編寫檢查報告；
b.該報告在檢查完成1周內將申請者文件材料、文檔資料、電子文本交中心審核部。
8．審查評估
中心審核部根據申請者提供的基本情況匯總表和相關材料及檢查組長的檢查報告進行綜合審核評估，編制頒證評估表，提出評估意見交技術委員會審議。
9．技術委員會決議
技術委員會定期召開技術委員會專家會議，對申請者基本情況調查表和檢查組的檢查報告及頒證評估意見等材料進行全面審查，做出頒證決議。
10．頒發證書
根據技術委員會決議，認證中心向符合條件的申請者頒發證書，獲得有條件頒證的申請者要按認證中心提出的意見改進並做出書面承諾。
11．有機產品標誌使用
根據《有機產品認證管理辦法》和《有機產品認證實施規則》辦理有機產品標誌使用手續。